samtools软件有什么作用

Samtools是一个用于处理和分析SAM（Sequence Alignment/Map）和BAM（Binary Alignment/Map）格式文件的软件包。它提供了多种命令行工具，可以完成许多与测序数据相关的任务，包括：

1. 格式转换：将SAM格式文件转换为BAM格式文件，或者将BAM格式文件转换为SAM格式文件。
2. 排序：对BAM格式文件进行按位置、读名或其他标准进行排序。
3. 删选：根据比对质量、长度、标记等条件对BAM文件进行筛选。
4. 统计：对BAM文件中的比对信息进行统计，如覆盖度、深度、GC偏差等。
5. 视图：通过对BAM文件进行可视化，查看比对结果和测序数据的分布情况等。

除此之外，Samtools还提供了一些其他的功能，如索引、合并、分割、重复标记等。它在生物信息学中被广泛应用于NGS数据的处理和分析。