linkage_matrix = linkage(dist_matrix, method='ward')
时间: 2024-04-28 14:19:30 浏览: 147
linkage.js
在层次聚类中,`linkage` 函数用于计算样本之间的距离,并生成聚类树的链接矩阵。它的参数解释如下:
- `y`:样本矩阵,每行代表一个样本,每列代表一个特征。
- `method`:链接方式,即计算相似度或距离的方法。常用的方法有:`single`、`complete`、`average`、`weighted`、`centroid`、`median` 和 `ward`。
在这里,我们使用了 `ward` 方法,它是一种基于方差的方法,它的主要思想是将两个簇合并时,簇内平方和的增加量最小。这种方法可以有效地保留簇的结构,并且在每次合并时,能够最小化簇内的方差,从而获得更加紧凑的簇。
具体地,`linkage` 函数的返回值为一个 `(n-1)×4` 的二维数组,其中 `n` 为样本数,每一行代表一次合并操作,其中前两列是被合并的两个簇的编号,第三列是它们之间的距离或相似度,第四列是新的簇的样本数。
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