用r，WT_CpG.txt记录了小鼠基因组上一些CpG位点的甲基化水平，启动子区域可以定义为转录起始位点上下游各2kb，位于正链的基因其转录起始位点为基因的第一个bp，位于负链的基因其转录起始位点为基因的最后一个bp。输出mm9.main.refGene.txt中启动子区域甲基化水平最高的前十个基因。（mean[∑freqC/(freqC+freqT)]，不区分正负链）

首先，我们需要读入WT_CpG.txt文件，提取出启动子区域内的CpG位点，并计算它们的平均甲基化水平。然后，我们需要从mm9.main.refGene.txt文件中提取出启动子区域对应的基因以及它们的基因名和染色体位置。最后，我们将这些信息合并起来，并按照启动子区域甲基化水平从高到低排序，输出前十个基因的基因名和甲基化水平。

下面是实现这个任务的R代码：

# 读入WT_CpG.txt文件
wt_cpg <- read.table("WT_CpG.txt", header = TRUE)

# 计算每个CpG位点的甲基化水平
wt_cpg$freqC <- as.numeric(wt_cpg$freqC)
wt_cpg$freqT <- as.numeric(wt_cpg$freqT)
wt_cpg$methylation <- wt_cpg$freqC / (wt_cpg$freqC + wt_cpg$freqT)

# 读入mm9.main.refGene.txt文件
refgene <- read.table("mm9.main.refGene.txt", header = TRUE)

# 定义一个函数，用于提取基因的启动子区域内的CpG位点的平均甲基化水平
get_promoter_methylation <- function(gene, upstream = 2000, downstream = 2000) {
  # 提取基因的染色体位置和正负链信息
  chrom <- gene$chrom
  strand <- gene$strand
  txStart <- gene$txStart
  txEnd <- gene$txEnd
  
  # 根据正负链信息计算启动子区域的起始和结束位置
  if (strand == "+") {
    promoter_start <- txStart - upstream
    promoter_end <- txStart + downstream
  } else {
    promoter_start <- txEnd - downstream
    promoter_end <- txEnd + upstream
  }
  
  # 提取启动子区域内的CpG位点，并计算它们的平均甲基化水平
  cpg <- wt_cpg[wt_cpg$chrom == chrom & wt_cpg$pos >= promoter_start & wt_cpg$pos <= promoter_end, ]
  if (nrow(cpg) > 0) {
    mean_methylation <- mean(cpg$methylation)
  } else {
    mean_methylation <- NA
  }
  
  # 返回结果
  result <- c(gene$name, mean_methylation)
  names(result) <- c("gene", "methylation")
  return(result)
}

# 对每个基因调用get_promoter_methylation函数，并将结果合并成一个数据框
promoter_methylation <- do.call(rbind, lapply(split(refgene, refgene$chrom), function(x) {
  apply(x, 1, get_promoter_methylation)
}))

# 按照启动子区域甲基化水平从高到低排序，并输出前十个基因的基因名和甲基化水平
top_genes <- head(promoter_methylation[order(-promoter_methylation$methylation), ], 10)
print(top_genes)

这段代码会输出启动子区域甲基化水平最高的前十个基因的基因名和甲基化水平。如果有些基因的启动子区域内没有CpG位点，它们的甲基化水平会被设为NA。