AttributeError: 'Atoms' object has no attribute 'select'.from ase.io import read, write from ase.io.cif import write_cif import os # 读取每个POSCAR文件,筛选出C原子并创建CIF文件 for filename in os.listdir('.'): if filename.startswith('POSCAR'): atoms = read(filename) c_atoms = atoms.select('C') del_atoms = atoms.select('Fe') atoms.remove_atoms(del_atoms) write_cif('{}.cif'.format(filename.split('.')[0]), atoms=atoms, atoms_per_site=len(atoms)).
时间: 2024-03-09 08:48:11 浏览: 116
这个错误的原因是 `Atoms` 对象没有 `select` 方法。ASE的 `Atoms` 对象不支持 `select` 方法,这个错误是因为您尝试在 `Atoms` 对象上调用了 `select` 方法。如果您需要选择特定类型的原子,可以使用 `select` 方法的替代方法,例如使用列表推导式或循环语句来筛选原子。以下是一个修改后的代码示例:
```python
from ase.io import read, write
from ase.io.cif import write_cif
import os
# 读取每个POSCAR文件,筛选出C原子并创建CIF文件
for filename in os.listdir('.'):
if filename.startswith('POSCAR'):
atoms = read(filename)
c_atoms = [atom for atom in atoms if atom.symbol == 'C'] # 使用列表推导式筛选C原子
fe_atoms = [atom for atom in atoms if atom.symbol == 'Fe'] # 使用列表推导式筛选Fe原子
atoms = atoms.copy() # 复制Atoms对象,以免影响原始对象
atoms = atoms.new_array('positions', [atom.position for atom in c_atoms]) # 更新Atoms对象的位置信息
write_cif('{}.cif'.format(filename.split('.')[0]), atoms=atoms, atoms_per_site=len(atoms))
```
这个代码示例中,我们使用了列表推导式来筛选出 C 原子和 Fe 原子。然后,我们使用 `new_array` 方法来更新 `Atoms` 对象的位置信息,并复制了 `Atoms` 对象以避免影响原始对象。最后,我们使用更新的 `Atoms` 对象来创建 CIF 文件。
阅读全文