File "frag-smart2.py", line 289, in <module> ase.io.write("01_1/optimized_POSCAR", box.to_atoms()) AttributeError: 'Mushybox' object has no attribute 'to_atoms'

时间: 2024-03-06 22:52:18 浏览: 117
RAR

osgOcean-Source-1.0.rar_OSGOCe_osg shader_osgocean_osgocean下载_ve

根据错误提示,`Mushybox`对象没有`to_atoms()`方法,因此需要使用其他方法将`Mushybox`对象转换为`Atoms`对象。 您可以在`Mushybox`对象上使用`.get_ase_atoms()`方法将其转换为`Atoms`对象,然后将其写入文件中: ``` ase.io.write("01_1/optimized_POSCAR", box.get_ase_atoms()) ``` 这将输出ASE优化后的结构到名为“optimized_POSCAR”的文件中。如果需要输出其他格式的文件,可以将`optimized_POSCAR`替换为所需格式的文件名,如`optimized.xyz`或`optimized.cif`。
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int generate_frag_data(void){ #if !defined JF return 0; #else int index=0; int data_len=PDU_FRAG_DATA_LEN; memset(frag_data_buf,0,sizeof(frag_data_buf)); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_num=%d\r\n",frag_num); #ifdef FIRST_FRAG_ADD_EXTRA_DATA if(FRAG_NUM_START==frag_num){ uint8_t max_min_value[2]; get_sample_data_max_min_value(max_min_value); float v_min=computeMvScale_f(max_min_value[1]); float v_max=1600;//computeMvScale_f(max_min_value[0]); uint8_t * v_max_fp=(uint8_t *)&v_max; uint8_t * v_min_fp=(uint8_t *)&v_min; index=first_frag_add_extra_data((uint8_t *)frag_data_buf,v_min_fp,v_max_fp); data_len+=FIRST_FRAG_EXTRA_DATA_LEN; } #endif int frag_src_data_num= MAX_SAMP_DATA_LEN * MAX_SAMP_BUF_NUM / FRAG_TOTAL_NUM; for(int i=0;i<frag_src_data_num;i++){ int frag_src_data_index= frag_src_data_num*(frag_num-1)+i; int sdata_item_index= frag_src_data_index/MAX_SAMP_DATA_LEN; int sdata_index=frag_src_data_index % MAX_SAMP_DATA_LEN; uint8_t data=sample_jufang_buf.sdata_item[sdata_item_index].sdata[sdata_index]; float data_f=computeMvScale_f(data); memcpy(&frag_data_buf[index+i*4],(uint8_t *)&data_f,4); /*if(i%250==0){ MN_printf(0, "generate_frag_data i=%d\r\n",i); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_src_data_num=%d\r\n",frag_src_data_num); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_src_data_index=%d\r\n",frag_src_data_index); MN_printf(0, "generate_frag_data sdata_item_index=%d\r\n",sdata_item_index); MN_printf(0, "generate_frag_data sdata_index=%d\r\n",sdata_index); MN_printf(0, "generate_frag_data index+i*4=%d\r\n",index+i*4); MN_printf(0, "generate_frag_data data=%2x\r\n",data); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_data_buf[index+i*4]=%2x\r\n",frag_data_buf[index+i*4]); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_data_buf[index+i*4+1]=%2x\r\n",frag_data_buf[index+i*4+1]); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_data_buf[index+i*4+2]=%2x\r\n",frag_data_buf[index+i*4+2]); MN_printf(0, "generate_frag_data frag_data_buf[index+i*4+3]=%2x\r\n",frag_data_buf[index+i*4+3]); #if defined SAMPLE_DATA_FLOAT_VALUE_UPLOAD float fReceive; *((char *)(&fReceive)) = frag_data_buf[index+i*4]; *((char *)(&fReceive) + 1) = frag_data_buf[index+i*4+1]; *((char *)(&fReceive) + 2) = frag_data_buf[index+i*4+2]; *((char *)(&fReceive) + 3) = frag_data_buf[index+i*4+3]; uint32_t a = (uint32_t)(fReceive*1000); MN_printf(0, "sample_data_float_value=%ld\r\n",a); #endif }*/ } return data_len; #endif }

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