rdikt 计算片段
时间: 2023-08-30 16:12:20 浏览: 36
在 RDKit 中,计算分子片段的方法主要有两种:一种是使用 SMARTS 模式匹配的方法,另一种是使用 Murcko 框架的方法。
使用 SMARTS 模式匹配的方法可以通过定义 SMARTS 模式来筛选出具有特定片段的分子。例如,可以使用以下代码来筛选出具有苯环结构的分子:
```python
from rdkit import Chem
smarts = Chem.MolFromSmarts("c1ccccc1")
mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1CCO")
if mol.HasSubstructMatch(smarts):
print("Molecule contains a benzene ring.")
else:
print("Molecule does not contain a benzene ring.")
```
使用 Murcko 框架的方法可以将分子转化为其最大的环和链结构,从而将分子片段化为单元。例如,可以使用以下代码将分子转换为其 Murcko 框架:
```python
from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaffold
mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1CCO")
scaffold = MurckoScaffold.GetScaffoldForMol(mol)
scaffold_smiles = Chem.MolToSmiles(scaffold)
```
在上述代码中,`scaffold_smiles` 变量将包含转换后的 Murcko 框架分子的 SMILES 表示。