解释这段代码pb <- progress_bar$new(total = length(cancer_types)) for (i in cancer_types){ file.remove(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\tmp_miRNA.csv')) file.remove(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\tmp_RNA.csv')) manipul_mat(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\miRNAMatrix.csv'),sep=',',input='id',1,1) manipul_mat(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\RNAMatrix.csv'),sep=',',input='id',1,1) pb$tick() }
时间: 2023-07-21 20:03:37 浏览: 116
这段代码是一个循环,用于处理肿瘤数据集中的多个癌症类型。让我逐步解释每一部分的功能:
1. `pb <- progress_bar$new(total = length(cancer_types))`:创建一个进度条对象`pb`,用于显示处理进度。`total`参数设置为`cancer_types`列表的长度,表示总共有多少个癌症类型需要处理。
2. `for (i in cancer_types){ ... }`:使用一个循环,遍历`cancer_types`列表中的每一个癌症类型。在循环体中,变量`i`代表当前迭代的癌症类型。
3. `file.remove(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\tmp_miRNA.csv'))`:删除指定路径下的名为`tmp_miRNA.csv`的文件。`str_c()`函数用于将多个字符串连接起来,`dir`表示文件路径的根目录。
4. `file.remove(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\tmp_RNA.csv'))`:删除指定路径下的名为`tmp_RNA.csv`的文件。
5. `manipul_mat(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\miRNAMatrix.csv'),sep=',',input='id',1,1)`:调用一个名为`manipul_mat()`的函数,对名为`miRNAMatrix.csv`的文件进行处理。函数使用逗号作为分隔符,将输入文件中的某一列('id')提取出来,并将结果保存。
6. `manipul_mat(str_c(dir,'\\tcga_data\\',i,'\\RNAMatrix.csv'),sep=',',input='id',1,1)`:调用`manipul_mat()`函数,对名为`RNAMatrix.csv`的文件进行处理,方法与上一步类似。
7. `pb$tick()`:每次循环迭代时,进度条对象`pb`进行一次增加进度的操作。
这段代码的作用是遍历给定的癌症类型列表,删除指定路径下的两个文件,并对另外两个文件进行处理。处理过程中会调用一个函数`manipul_mat()`,该函数负责对输入文件进行特定的处理操作。同时,通过进度条显示处理的进度。
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