mx = nib.load(im).get_data().max(axis=0).max(axis=0).max(axis=0) data[it, 0, :, :, :] = np.array(nib.load(im).get_data()) / mx

时间: 2024-06-04 14:06:34 浏览: 8
这段代码的作用是将一个3D图像文件加载进来,然后将其归一化到0到1之间,并将其存储到一个3D的numpy数组中。具体来说,第一行代码使用nibabel库中的load函数将3D图像文件加载进来,并使用max函数计算了该图像在x、y、z三个方向上的最大值。第二行代码中,使用了相同的load函数将图像文件加载进来,并使用get_data函数将其转换为numpy数组。接下来的操作是将数组中的值除以之前计算得出的最大值,以将其归一化到0到1之间。最后,将归一化后的数组存储到一个3D数组中。其中,it是一个迭代变量,表示当前处理的图像在数据集中的编号。此代码段的作用在于为深度学习模型提供输入数据。
相关问题

for it, im in tqdm(enumerate(metadata[smc_mask].Path.values), total=smc_mask.sum(), desc='Reading MRI to memory'): mx = nib.load(im).get_data().max(axis=0).max(axis=0).max(axis=0) data[it, 0, :, :, :] = np.array(nib.load(im).get_data()) / mx

这段代码是在使用tqdm库中的enumerate方法遍历metadata中的smc_mask路径,然后读取MRI数据到内存中,并将其归一化到0-1范围内。具体来说,对于每个路径,它首先通过nib.load方法读取MRI数据,然后通过max(axis=0).max(axis=0).max(axis=0)方法找到数据中最大的值,并将其作为归一化分母mx。最后,将MRI数据除以mx并保存在data数组中。这段代码的目的是为了将MRI数据加载到内存中,以便后续的处理和分析。

代码解析flair = nib.load(flair).get_fdata()

这行代码是使用`nib`库加载一个NIfTI格式的图像文件,并获取其图像数据。 解析该行代码的步骤如下: 1. `nib.load(flair)`:使用`nib`库的`load`函数加载图像文件。`flair`是图像文件的路径或文件对象。这里假设`flair`是一个包含图像文件路径的变量。返回的结果是一个代表图像的NIfTI对象。 2. `.get_fdata()`:对加载的NIfTI对象调用`get_fdata()`方法,以获取图像数据。该方法会返回一个包含图像数据的NumPy数组。 因此,整个代码行的作用是将NIfTI格式的图像文件加载到内存中,并将其图像数据存储在名为`flair`的变量中,该变量被认为是NumPy数组。你可以使用这个数组进行进一步的图像处理和分析。

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代码import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 创建保存路径 save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'image')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image')) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'label')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label')) # 加载数据集 data_path = 'D:/BaiduNetdiskDownload/LiTS2017' img_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1') label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2') # 转换图像 for file in sorted(os.listdir(img_path)): if file.endswith('.nii'): img_file = os.path.join(img_path, file) img = nib.load(img_file).get_fdata() img = np.transpose(img, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(img.shape[0]): img_slice = img[i, :, :] img_slice = (img_slice - np.min(img_slice)) / (np.max(img_slice) - np.min(img_slice)) * 255 # 归一化到0-255 img_slice = img_slice.astype(np.uint8) img_slice = np.stack([img_slice]*3, axis=2) # 转换为三通道图像 img_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' img_file_save = os.path.join(save_path, 'image', img_name) Image.fromarray(img_slice).save(img_file_save) # 转换标签 for file in sorted(os.listdir(label_path)): if file.endswith('.nii'): label_file = os.path.join(label_path, file) label = nib.load(label_file).get_fdata() label = np.transpose(label, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(label.shape[0]): label_slice = label[i, :, :] label_slice[label_slice == 1] = 255 # 肝脏灰度值设为255 label_slice[label_slice == 2] = 128 # 肝脏肿瘤灰度值设为128 label_slice = label_slice.astype(np.uint8) label_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' label_file_save = os.path.join(save_path, 'label', label_name) Image.fromarray(label_slice).save(label_file_save)出现scaled = scaled.astype(np.promote_types(scaled.dtype, dtype), copy=False) MemoryError错误,怎么修改?给出完整代码

给出相同功能的代码import os import numpy as np import nibabel as nib import imageio from PIL import Image def read_niifile(niifilepath): # 读取niifile文件 img = nib.load(niifilepath) # 提取niifile文件 img_fdata = img.get_fdata(dtype='float32') return img_fdata def save_fig(niifilepath, savepath, num, name): # 保存为图片 name = name.split('-')[1] filepath_seg = niifilepath + "segmentation\" + "segmentation-" + name filepath_vol = niifilepath + "volume\" + "volume-" + name savepath_seg = savepath + "segmentation\" savepath_vol = savepath + "volume\" if not os.path.exists(savepath_seg): os.makedirs(savepath_seg) if not os.path.exists(savepath_vol): os.makedirs(savepath_vol) fdata_vol = read_niifile(filepath_vol) fdata_seg = read_niifile(filepath_seg) (x, y, z) = fdata_seg.shape total = x * y for k in range(z): silce_seg = fdata_seg[:, :, k] if silce_seg.max() == 0: continue else: silce_seg = (silce_seg - silce_seg.min()) / (silce_seg.max() - silce_seg.min()) * 255 silce_seg = np.uint8(Image.fromarray(silce_seg).convert('L')) silce_seg = cv2.threshold(silce_seg, 1, 255, cv2.THRESH_BINARY)[1] if (np.sum(silce_seg == 255) / total) > 0.015: silce_vol = fdata_vol[:, :, k] silce_vol = (silce_vol - silce_vol.min()) / (silce_vol.max() - silce_vol.min()) * 255 silce_vol = np.uint8(Image.fromarray(silce_vol).convert('L')) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_seg, '{}.png'.format(num)), silce_seg) imageio.imwrite(os.path.join(savepath_vol, '{}.png'.format(num)), silce_vol) num += 1 return num if name == 'main': path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017' savepath = r'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017' filenames = os.listdir(path + "segmentation") num = 0 for filename in filenames: num = save_fig(path, savepath, num, filename) 。用另一段代码实现相同功能

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