python实现将nii.gz格式的T1ce和T1模态数据转换为numpy数组进行做差得到sub,再将numpy数组的sub转换成nii.gz格式的数据
时间: 2023-12-03 19:44:44 浏览: 113
将数据转换成数组
可以使用Python中的SimpleITK库和numpy库来完成这个任务。以下是大致的代码实现:
```python
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
# 读取T1ce和T1模态数据
t1ce = sitk.ReadImage('path/to/t1ce.nii.gz')
t1 = sitk.ReadImage('path/to/t1.nii.gz')
# 将T1ce和T1模态数据转换为numpy数组
t1ce_arr = sitk.GetArrayFromImage(t1ce)
t1_arr = sitk.GetArrayFromImage(t1)
# 计算T1ce和T1模态数据的差值
sub = t1ce_arr - t1_arr
# 将sub转换为SimpleITK的图像对象
sub_img = sitk.GetImageFromArray(sub)
# 设置sub图像对象的原始信息(像素大小、方向矩阵、起始点等)
sub_img.SetOrigin(t1ce.GetOrigin())
sub_img.SetSpacing(t1ce.GetSpacing())
sub_img.SetDirection(t1ce.GetDirection())
# 保存sub图像对象为nii.gz格式的数据
sitk.WriteImage(sub_img, 'path/to/sub.nii.gz')
```
其中,`path/to/t1ce.nii.gz`和`path/to/t1.nii.gz`是T1ce和T1模态数据的文件路径,`path/to/sub.nii.gz`是保存差值数据的文件路径。如果需要修改数据类型,可以在读取和保存图像时使用`sitk.ReadImage()`和`sitk.WriteImage()`函数的`imageIO`参数指定数据类型,例如:
```python
t1ce = sitk.ReadImage('path/to/t1ce.nii.gz', sitk.sitkFloat32)
...
sitk.WriteImage(sub_img, 'path/to/sub.nii.gz', sitk.sitkFloat32)
```
这里的数据类型为`Float32`。
阅读全文