lncRNA表达与生存数据合并代码
时间: 2023-05-27 21:06:11 浏览: 173
由于 lncRNA 表达数据和生存数据通常保存在不同的文件中,因此需要将它们合并到一起。以下是可能的代码:
```python
import pandas as pd
# 读取 lncRNA 表达数据和生存数据
lncrna_data = pd.read_csv('lncrna_expression.csv')
survival_data = pd.read_csv('survival_data.csv')
# 将基因 ID 作为索引
lncrna_data = lncrna_data.set_index('GeneID')
survival_data = survival_data.set_index('GeneID')
# 将生存数据中的时间和状态列重命名
survival_data = survival_data.rename(columns={'OS.time': 'Time', 'OS': 'Status'})
# 将 lncRNA 表达数据和生存数据合并
merged_data = pd.merge(lncrna_data, survival_data, left_index=True, right_index=True)
# 将数据保存到文件中
merged_data.to_csv('lncrna_survival.csv')
```
这段代码首先读取 lncRNA 表达数据和生存数据,然后将它们的基因 ID 作为索引。接下来,它将生存数据中的时间和状态列重命名为“Time”和“Status”。最后,它将 lncRNA 表达数据和生存数据按照基因 ID 进行合并,并将结果保存到文件中。
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