筛选出lncrna,R代码
时间: 2023-07-09 21:21:51 浏览: 43
筛选出 lncRNA 可以根据基因的 biotype 信息来进行。在 GTF 文件中,每个基因都有一个 `gene_biotype` 属性,可以用来区分不同类型的基因,包括 lncRNA。下面是一段 R 代码示例,用于从 GTF 文件中筛选出 lncRNA 基因:
```R
library(GenomicFeatures)
# 读入 GTF 文件
gtf <- read.delim("your_gtf_file.gtf", header=FALSE, comment.char="#")
# 将 GTF 文件转换成 TxDb 对象
txdb <- makeTxDbFromGRanges(granges=GRanges(seqnames=gtf$V1,
ranges=IRanges(start=gtf$V4, end=gtf$V5),
strand=gtf$V7,
feature=gtf$V3,
gene_id=gtf$V9))
# 获取所有基因的 biotype 信息
biotypes <- select(txdb, "gene_biotype")
biotypes <- biotypes$gene_biotype
# 筛选出 lncRNA 基因
lncrna <- which(biotypes == "lncRNA")
# 输出 lncRNA 基因的信息
genes <- select(txdb, keys=names(lncrna), columns=c("gene_id", "gene_name"))
genes <- genes[order(lncrna),]
genes
```
其中,`makeTxDbFromGRanges()` 函数用于将 GTF 文件转换成 `TxDb` 对象,`select()` 函数用于获取基因的 biotype 和其他信息,`which()` 函数用于找到所有 biotype 为 "lncRNA" 的基因。最后输出的 `genes` 变量包含了 lncRNA 基因的 ID 和名称信息。