blast如何比对染色体,具体操作代码
时间: 2023-02-12 12:12:47 浏览: 265
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于比对 DNA 和蛋白质序列的工具。要使用 BLAST 比对染色体,首先需要准备好要比对的染色体序列文件。然后可以使用以下步骤进行比对:
1. 进入 NCBI 的 BLAST 网站(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)。
2. 选择“blastn”,表示要使用 nucleotide-nucleotide BLAST 进行比对。
3. 在“Enter query sequence”部分,选择“Upload a file”,并上传要比对的染色体序列文件。
4. 在“Choose search set”部分,选择要搜索的数据库,如“refseq_rna”或“nt”。
5. 点击“BLAST”按钮开始比对。
如果你需要使用编程语言进行比对,可以使用NCBI提供的NCBI BLAST+ 包或者用python的biopython库中的blast来进行比对。
代码示例:
```python
from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", "833211634")
with open("my_blast.xml", "w") as out_handle:
out_handle.write(result_handle.read())
result_handle.close()
```
这里使用了NCBIWWW.qblast 函数,进行blastn比对,数据库为nt,查询序列为833211634,结果输出到my_blast.xml文件中。
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