# hmmbuild :: profile HMM construction from multiple sequence alignments # HMMER 3.2.1 (June 2018); http://hmmer.org/ # Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute. # Freely distributed under the BSD open source license. # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # input alignment file: PRRSV.fna # output HMM file: mymodel.hmm # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # idx name nseq alen mlen W eff_nseq re/pos description #---- -------------------- ----- ----- ----- ----- -------- ------ ----------- Alignment input parse error: sequence AF159149.1 has alen 15390; expected 15520 while reading aligned FASTA file PRRSV.fna at or near line 447

根据你提供的信息，这是一段 HMMER 的命令行代码，用于从多个序列比对构建 profile HMM 模型。然而，在解析输入的比对文件 PRRSV.fna 时出现了错误，错误信息显示第 447 行附近的 AF159149.1 序列的长度为 15390，而期望长度为 15520。这可能是由于输入比对文件中的错误或不完整所致。需要检查输入文件并进行修正。