R语言pheatmap包画高级热图代码
时间: 2023-07-10 07:38:56 浏览: 192
下面是用R语言pheatmap包画高级热图的示例代码:
```r
# 安装和加载pheatmap包
install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)
# 导入数据
data <- read.table("data.txt", header = TRUE, row.names = 1)
# 画热图
pheatmap(data, scale = "row", cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE,
annotation_col = df, annotation_colors = list(df = c("A"="red","B"="blue","C"="green")))
```
解释一下这段代码:
1. 首先安装和加载pheatmap包。
2. 然后导入数据,数据需要是一个表格,行是样本,列是特征。
3. 使用pheatmap函数画热图。其中,scale参数表示是否对每行数据进行标准化,cluster_rows和cluster_cols参数表示是否对行和列进行聚类,annotation_col和annotation_colors参数表示对列进行注释,其中,df是一个包含每个样本的注释信息的数据框,annotation_colors是一个颜色列表,每个注释信息对应一个颜色。
你可以根据自己的数据和需求进行相应的修改。
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