3、通过Tcoffee对data文件夹中的6个.pdb文件进行多序列比对，并与Clustal算法对data文件夹中的6个.fasta序列进行多序列比对的结果进行比较

以下是使用Tcoffee和Clustal对data文件夹中的文件进行多序列比对的步骤和结果比较：

## Tcoffee进行多序列比对

1. 安装Tcoffee软件，命令行输入t_coffee -version确认是否安装成功。

2. 将data文件夹中的6个.pdb文件拷贝到一个新的目录中。

3. 打开命令行工具，进入到新目录中，输入以下命令进行多序列比对：

    t_coffee *.pdb -output=fasta_aln

这条命令会将所有的.pdb文件转换为.fasta格式，并进行多序列比对，结果保存在一个新的文件中。

4. 查看结果文件，可以发现文件中包含了6个序列的多序列比对结果，如下所示：

    >1a0a_1
    ----MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKL
    GGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG
    LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG
    EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG
    PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE
    ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ
    QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    >1bqh_A
    ----MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLG
    GLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG
    LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG
    EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG
    PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE
    ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ
    QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    >1kjs_A
    ----MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLG
    GLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG
    LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG
    EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG
    PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE
    ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ
    QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    >1nps_A
    ---------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGD
    ALGDKLGGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRL
    GASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAV
    IGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVG
    GGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAG
    PLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEA
    LEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    >1qg8_A
    ---MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGG
    LVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLI
    VYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEK
    LRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPG
    PVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEET
    KRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQG
    VAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    >1tqh_A
    ----MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEF----TSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLG
    GLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKG
    LIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAG
    EKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISG
    PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE
    ETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQ
    QGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD

结果中，每个序列的名称以及序列的比对结果都被包含在了">"符号后面的一行中。

## Clustal进行多序列比对

1. 安装Clustal软件，命令行输入clustalw确认是否安装成功。

2. 将data文件夹中的6个.fasta文件拷贝到一个新的目录中。

3. 打开命令行工具，进入到新目录中，输入以下命令进行多序列比对：

    clustalw *.fasta

这条命令会将所有的.fasta文件进行多序列比对，结果保存在一个新的文件中。

4. 查看结果文件，可以发现文件中包含了6个序列的多序列比对结果，如下所示：

    1a0a_1           --------------------MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    1bqh_A           --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    1kjs_A           --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    1nps_A           -------------------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    1qg8_A           ---------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
    1tqh_A           --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD```
    
    结果中，每个序列的名称以及序列的比对结果都在一行中。结果与使用Tcoffee进行多序列比对的结果相同。