cardiomyocyte.hesc <- SingleR(test = cardiomyocyteSingleR,ref = hpca.se, labels = hpca.se$label.main() + table(cardiomyocyte.hesc$labels,cardiomyocyte$seurat_clusters) Error: unexpected symbol in: "cardiomyocyte.hesc <- SingleR(test = cardiomyocyteSingleR,ref = hpca.se, labels = hpca.se$label.main() table
时间: 2024-04-10 14:27:13 浏览: 107
根据你提供的代码,你正在尝试使用SingleR函数进行单细胞RNA测序数据的比较,并使用table函数创建一个表格。然而,你在代码中出现了一个错误。在R中,函数调用通常不会在同一行中结束,除非你使用分号(;)来分隔多个语句。
以下是修正后的代码示例:
```R
cardiomyocyte.hesc <- SingleR(test = cardiomyocyteSingleR, ref = hpca.se, labels = hpca.se$label.main())
table(cardiomyocyte.hesc$labels, cardiomyocyte$seurat_clusters)
```
请确保在SingleR函数调用的末尾加上闭括号,并在table函数调用之前换行。
如果你还遇到其他问题,请提供更多的代码和错误信息,以便我能够更好地帮助你解决问题。
相关问题
plotDeltaDistribution(cardiomyocyte.hesc$labels,cluster = cardiomyocyte$seurat_clusters) Error in plotDeltaDistribution(cardiomyocyte.hesc$labels, cluster = cardiomyocyte$seurat_clusters) : unused argument (cluster = cardiomyocyte$seurat_clusters)
根据你提供的代码,看起来你正在尝试plotDeltaDistribution函数来制delta分布图,cardiomyocyte.hesc$labels是类别签,而cardiomyocyte$seurat是聚类结果。然而,你到了一个错误,指出plotDeltaDistribution函数中有一个未使用的参数cluster。
这个错误可能是由于你正在使用的plotDeltaDistribution函数不接受名为cluster的参数。请确保你正在使用的函数是正确的,并检查函数的文档或帮助页面,以了解它所接受的参数和用法。
如果你使用的是自定义函数,那么可能需要修改函数的定义,以接受名为cluster的参数。
如果你使用的是某个包中提供的函数,请确保你已经正确加载了该包,并且函数的版本与你所使用的代码相匹配。
如果你需要进一步帮助,请提供更多有关plotDeltaDistribution函数和你的代码上下文的信息,这样我可以更好地理解并帮助你解决问题。
> DimPlot(cardiomyocyte, group.by = c("seurat_clusters", "labels"), reduction = "umap") > # annotation diagnostics > plotDeltaDistribution(cardiomyocyte.hesc$labels,cluster = cardiomyocyte$seurat_clusters) Error in plotDeltaDistribution(cardiomyocyte.hesc$labels, cluster = cardiomyocyte$seurat_clusters) : unused argument (cluster = cardiomyocyte$seurat_clusters)
这个错误可能是因为在调用 `plotDeltaDistribution` 函数时给出了一个未使用的参数 `cluster`。请确保函数 `plotDeltaDistribution` 是否接受 `cluster` 参数,并检查参数名称是否正确。你可以查看函数的文档或者源代码来确认参数的使用方式。如果确定参数名称正确,但仍然出现错误,则可能是由于其他原因导致的。你可以提供更多的上下文或错误信息,以便我能够更好地帮助你解决问题。
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