scale_color_brewer

时间: 2023-05-02 11:05:22 浏览: 479
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color mixer

b'scale_color_brewer'是一个函数，用于在ggplot2软件中进行数据可视化时，设置颜色调色板的属性。它可以选择不同的调色板，如RColorBrewer中的Qualitative、Sequential和Diverging等类型，以便更好地展示数据集。
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library(ggplot2) > library(RColorBrewer) > mydata$AbsValue<-abs(mydata$value) > ggplot(mydata,aes(x=Var1,y=Var2))+ + geom_point(aes(size=AbsValue,fill=value),shape=21,colour=black)+ + scale_fill_gradientn(colours = c(brewer.pal(7,"Set1")[2],"white",brewer.pal(7,"Set1")[1]),na.value = NA)+ + scale_size_area(max_size = 12,guide=FALSE) 错误: 找不到对象'black'

相反，您可以使用 color="black" 或 colour="black"，这将指定点的边框颜色为黑色。 请尝试更改 geom_point 行如下： geom_point(aes(size=AbsValue,fill=value),shape=21,colour="black") 这应该...
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f1.data$rewardQuantity<-as.numeric(f1.data$rewardQuantity) > ggplot(f1.data, aes(rewardTypeName, rewardQuantity))+ + geom_dotplot(aes(fill =rewardTypeName),binaxis='y', stackdir='center', dotsize = 0.3)+ + scale_fill_manual(values=c(brewer.pal(7,"Set2")[c(1,2,4,5,6,7)]))+ + theme_classic()+ + theme(panel.background=element_rect(fill="white",colour="black",linewidth=0.25), + axis.line=element_line(colour="black",linewidth=0.25), + axis.title=element_text(size=13,face="plain",color="black"), + axis.text = element_text(size=8,face="plain",color="black"), + legend.position="none" + ) Bin width defaults to 1/30 of the range of the data. Pick better value with binwidth. Warning message:

scale_fill_manual(values = c(brewer.pal(7, "Set2")[c(1, 2, 4, 5, 6, 7)])) + theme_classic() + theme( panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "black", linewidth = 0.25), axis....

修改下面的代码：nmds <- metaMDS(select(df, starts_with("OTU"))) str(nmds) scores(nmds)$sites %>% cbind(df) %>% ggplot(aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + geom_point(aes(size = 0.5, color = Group)) + stat_chull(geom = "polygon", aes(group = Group, color = Group, fill = Group), alpha = 0.1) + annotate("text", x = -0.15, y = 0.1, label = paste0("stress: ", format(nmds$stress, digits = 4)), hjust = 0) + theme_bw(base_size = 18)+ theme(text=element_text(family="A",size=20))

scale_color_brewer(palette = "Set1") + scale_fill_brewer(palette = "Set2") + theme_bw(base_size = 18) + theme(text=element_text(family="A",size=20)) 这里使用了bray距离度量和2维的NMDS分析方法...

用r，filtered_gene_bc_matrices中是2,700个PBMCs的单细胞转录组数据，请根据genes.tsv和barcodes.tsv信息将稀疏矩阵matrix.mtx转换成表达矩阵。对表达矩阵进行主成分分析(PCA)，并画出第一、第二主成分。

scale_color_brewer(palette = "Set1") + theme_bw() print(p) 这样就可以得到第一、第二主成分的散点图了。需要注意的是，这里使用了Seurat包的函数来进行主成分分析，以及细胞和基因的过滤和标准化处理。...

Error in geom_line(): ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in FUN(): ! object 'X' not found Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.

scale_color_brewer(palette = "Set1") + ylab("biomass (g)") + facet_grid('. ~ 处理2') 在修改后的代码中，X列被正确地定义在aes()函数中，并且group参数被添加到aes()函数中。同时，geom_text...

Bin width defaults to 1/30 of the range of the data. Pick better value with binwidth. Warning message: Removed 2 rows containing missing values (stat_bindot()).

这个警告信息意味着你... scale_fill_brewer(palette="Set2") + theme(plot.background = element_rect(fill="white")) + geom_histogram(binwidth=0.5) 这样就可以手动选择bin宽度，避免默认选择出现问题了。
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