import pandas as pd from sklearn import metrics from sklearn.model_selection import train_test_split import xgboost as xgb import matplotlib.pyplot as plt import openpyxl # 导入数据集 df = pd.read_csv("/Users/mengzihan/Desktop/正式有血糖聚类前.csv") data=df.iloc[:,:35] target=df.iloc[:,-1] # 切分训练集和测试集 train_x, test_x, train_y, test_y = train_test_split(data,target,test_size=0.2,random_state=7) # xgboost模型初始化设置 dtrain=xgb.DMatrix(train_x,label=train_y) dtest=xgb.DMatrix(test_x) watchlist = [(dtrain,'train')] # booster: params={'booster':'gbtree', 'objective': 'binary:logistic', 'eval_metric': 'auc', 'max_depth':12, 'lambda':10, 'subsample':0.75, 'colsample_bytree':0.75, 'min_child_weight':2, 'eta': 0.025, 'seed':0, 'nthread':8, 'gamma':0.15, 'learning_rate' : 0.01} # 建模与预测:50棵树 bst=xgb.train(params,dtrain,num_boost_round=50,evals=watchlist) ypred=bst.predict(dtest) # 设置阈值、评价指标 y_pred = (ypred >= 0.5)*1 print ('Precesion: %.4f' %metrics.precision_score(test_y,y_pred)) print ('Recall: %.4f' % metrics.recall_score(test_y,y_pred)) print ('F1-score: %.4f' %metrics.f1_score(test_y,y_pred)) print ('Accuracy: %.4f' % metrics.accuracy_score(test_y,y_pred)) print ('AUC: %.4f' % metrics.roc_auc_score(test_y,ypred)) ypred = bst.predict(dtest) print("测试集每个样本的得分\n",ypred) ypred_leaf = bst.predict(dtest, pred_leaf=True) print("测试集每棵树所属的节点数\n",ypred_leaf) ypred_contribs = bst.predict(dtest, pred_contribs=True) print("特征的重要性\n",ypred_contribs ) xgb.plot_importance(bst,height=0.8,title='影响糖尿病的重要特征', ylabel='特征') plt.rc('font', family='Arial Unicode MS', size=14) plt.show()这个代码问题出在哪
时间: 2024-01-21 15:04:01 浏览: 74
这段代码是使用XGBoost进行二分类的分析和预测,但在运行过程中可能会出现一些问题。以下是可能存在的问题:
1. 文件路径问题:请确保你的数据文件 "/Users/mengzihan/Desktop/正式有血糖聚类前.csv" 存在,并且路径正确。
2. 数据准备问题:请确保你的数据集 df 包含了正确的数据,并且数据格式正确。确保 df 包含了35个特征和一个目标变量。
3. 数据切分问题:在 train_test_split() 函数中,你将数据切分为训练集和测试集,但没有对目标变量进行切分。请将代码修改为 `train_test_split(data, target, test_size=0.2, random_state=7)`。
4. 参数设置问题:XGBoost模型初始化的参数设置可以根据实际需求进行调整,但请确保所有参数的设置都是合理的。
5. 特征重要性可视化问题:在最后一行代码中,使用了 xgb.plot_importance() 函数来绘制特征重要性图,但需要确保 matplotlib 库已正确安装。
请检查以上问题并进行修正,然后再次运行代码。如果仍然出现问题,请提供错误信息以便进一步排查。
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import pandas as pd from sklearn import metrics from sklearn.model_selection import train_test_split import xgboost as xgb import matplotlib.pyplot as plt import openpyxl # 导入数据集 df = pd.read_csv("/Users/mengzihan/Desktop/正式有血糖聚类前.csv") data=df.iloc[:,:35] target=df.iloc[:,-1] # 切分训练集和测试集 train_x, test_x, train_y, test_y = train_test_split(data,target,test_size=0.2,random_state=7) # xgboost模型初始化设置 dtrain=xgb.DMatrix(train_x,label=train_y) dtest=xgb.DMatrix(test_x) watchlist = [(dtrain,'train')] # booster: params={'booster':'gbtree', 'objective': 'binary:logistic', 'eval_metric': 'auc', 'max_depth':12, 'lambda':10, 'subsample':0.75, 'colsample_bytree':0.75, 'min_child_weight':2, 'eta': 0.025, 'seed':0, 'nthread':8, 'gamma':0.15, 'learning_rate' : 0.01} # 建模与预测:50棵树 bst=xgb.train(params,dtrain,num_boost_round=50,evals=watchlist) ypred=bst.predict(dtest) # 设置阈值、评价指标 y_pred = (ypred >= 0.5)*1 print ('Precesion: %.4f' %metrics.precision_score(test_y,y_pred)) print ('Recall: %.4f' % metrics.recall_score(test_y,y_pred)) print ('F1-score: %.4f' %metrics.f1_score(test_y,y_pred)) print ('Accuracy: %.4f' % metrics.accuracy_score(test_y,y_pred)) print ('AUC: %.4f' % metrics.roc_auc_score(test_y,ypred)) ypred = bst.predict(dtest) print("测试集每个样本的得分\n",ypred) ypred_leaf = bst.predict(dtest, pred_leaf=True) print("测试集每棵树所属的节点数\n",ypred_leaf) ypred_contribs = bst.predict(dtest, pred_contribs=True) print("特征的重要性\n",ypred_contribs ) xgb.plot_importance(bst,height=0.8,title='影响糖尿病的重要特征', ylabel='特征') plt.rc('font', family='Arial Unicode MS', size=14) plt.show()
这段代码是使用XGBoost进行二分类任务的建模和预测,并输出了一些评价指标和特征重要性。下面是对代码的解释:
1. 导入必要的库:`pandas`用于数据处理,`sklearn`中的`metrics`模块用于评价指标,`train_test_split`用于划分训练集和测试集,`xgboost`用于建模,`matplotlib.pyplot`用于画图,`openpyxl`用于读取Excel文件。
2. 读取数据集:使用`pd.read_csv`读取CSV格式的数据集文件,并分别将特征和目标变量提取出来。
3. 划分训练集和测试集:使用`train_test_split`函数将数据集划分为训练集和测试集,其中`test_size=0.2`表示测试集占比为20%,`random_state=7`表示设置随机种子以保证可重复性。
4. 初始化xgboost模型设置:创建`DMatrix`对象,将训练集特征矩阵和目标变量转换为xgboost专用的数据格式。设置模型参数和超参数,例如使用GBtree作为基学习器、使用二分类逻辑回归作为目标函数、评价指标为AUC等。
5. 建模与预测:使用`xgb.train`函数训练xgboost模型,设定迭代次数为50,并在训练过程中输出训练集的性能指标。然后对测试集进行预测,得到预测概率值`ypred`。
6. 设置阈值、计算评价指标:将预测概率值转换为二分类的预测结果,并计算准确率、召回率、F1-score、精确度和AUC等评价指标,并输出结果。
7. 输出测试集每个样本的得分:输出测试集每个样本的预测得分。
8. 输出测试集每棵树所属的节点数:输出测试集每棵树所属的节点数。
9. 输出特征的重要性:输出特征的重要性,可以使用`xgb.plot_importance`函数绘制特征重要性图。
最后,通过`plt.show()`函数显示绘制的特征重要性图。
import csv import numpy as np from sklearn.preprocessing import StandardScaler from sklearn.model_selection import train_test_split import matplotlib.pyplot as plt from datetime import datetime from sklearn.metrics import explained_variance_score from sklearn.metrics import mean_squared_error from sklearn.metrics import accuracy_score from sklearn.metrics import confusion_matrix from sklearn.metrics import classification_report from sklearn import metrics from sklearn.metrics import mean_absolute_error # 平方绝对误差 import random import pandas as pd import xgboost as xgb #一段 915~1158.3 data = pd.read_csv('Train_data.csv', header=None) GR = data.values[:41, 3:4] LLD = data.values[:41, 4:5] LLS = data.values[:41, 5:6] AC = data.values[:41, 6:7] #训练特征数据 X=np.concatenate((GR,AC,LLS,LLD),axis=1) X[np.isnan(X)] = 0 #训练目标数据 TC = data.values[:41, 1:2] X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, TC, test_size=0.4,random_state=1)
这段代码是用于数据预处理和训练集测试集的划分的。首先,通过pandas库中的read_csv函数读取名为'Train_data.csv'的文件,并将文件中的数据存储到data变量中。接着,将data中的第4列、第5列、第6列和第7列分别存储到GR、LLD、LLS和AC变量中,这些变量将作为训练数据的特征。然后,将这些特征按列连接起来,形成一个特征矩阵X。接着,将X中的缺失值用0进行填充。最后,将data中的第2列存储到TC变量中,作为训练数据的目标值。最后,使用train_test_split函数将X和TC划分为训练集和测试集,其中测试集占总数据的40%。
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