"gene_id <- bitr(diff_gene$geneid, fromtype = \"ensembl\", totype = c(\"entr"
时间: 2023-09-19 07:02:27 浏览: 341
CAN1-TO-CAN2-Normal.rar_CAN通信STM32f407_normal_stm32F407 CAN通信_st
5星 · 资源好评率100%
这段代码是用R语言进行基因转换的操作。其中,`bitr()`函数被用来将基因ID从一个类型(`ensembl`)转换为另一个类型(`entrez`)。具体的代码如下:
```R
gene_id <- bitr(diff_gene$geneid, fromtype = "ensembl", totype = c("entrez"))
```
`bitr()`函数接受三个参数:
1. `diff_gene$geneid`:表示要转换的基因ID,这些ID存储在`diff_gene`数据框的`geneid`列中;
2. `fromtype = "ensembl"`:表示输入的基因ID类型为`ensembl`;
3. `totype = c("entrez")`:表示要将基因ID转换为`entrez`类型。
以上的代码执行后,将根据`ensembl`类型的基因ID在数据库中查找对应的`entrez`类型的基因ID,并将结果保存在`gene_id`变量中。
阅读全文