Error in bitr(DEG1$Gene, fromType = "SYMBOL", toType = "ENTREZID", OrgDb = "org.Hs.eg.db") : could not find function "bitr"
时间: 2023-04-05 16:03:58 浏览: 393
这个问题属于技术问题,我可以回答。这个错误是因为在运行 bitr 函数时,R 无法找到这个函数。可能是因为你没有正确加载相关的包或者库。你可以尝试使用 library() 函数加载相关的包或者库,或者检查你的代码是否正确。
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gene.tx <- bitr(siggene,fromType="ENSEMBL",toType=c("ENTREZID","SYMBOL"), OrgDb = org.Hs.eg.db)
这段代码的作用是将一个基因列表(siggene)中的基因ID从ENSEMBL转换为ENTREZID和SYMBOL。其中,fromType参数指定了siggene列表中基因ID的类型,toType参数指定了转换后的基因ID类型,OrgDb参数指定了使用的转换数据库,这里是org.Hs.eg.db,即Homo sapiens Annotation data package。转换后,函数会返回一个包含转换后基因ID的列表。
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns Error in bitr(af.markers$gene, "SYMBOL", "ENTREZID", "org.Hs.eg.db") : (converted from warning) 7.63% of input gene IDs are fail to map...
这个错误通常发生在使用R语言中的一些生物信息学分析包(例如biomaRt)时,由于输入的基因ID无法在指定的数据库中找到或无法正确映射到所需的ID类型,导致出现错误。
为了解决这个问题,你需要检查输入的基因ID是否正确,并且检查使用的数据库是否包含所需的ID类型。如果数据库中没有所需的ID类型,可以尝试使用其他数据库或者使用其他方法进行基因ID转换。
另外,你也可以尝试使用其他分析包或软件进行基因ID转换,例如使用Ensembl数据库或者NCBI的Entrez Gene数据库进行ID转换。