R语言enrich函数
时间: 2024-04-07 22:26:33 浏览: 102
enrichR:一个R接口来丰富R
R语言中没有内置的enrich函数。但是,可以使用一些第三方包来进行富集分析。其中,常用的包括clusterProfiler、enrichR和gProfileR等。这些包提供了丰富的功能,可以用于基因集富集分析、通路富集分析等。
下面是使用clusterProfiler包进行基因集富集分析的示例代码[^1]:
```R
library(clusterProfiler)
# 定义基因集
geneSet <- c("gene1", "gene2", "gene3", "gene4", "gene5")
# 进行基因集富集分析
enrichResult <- enrichGO(gene = geneSet,
OrgDb = org.Hs.eg.db,
keyType = "SYMBOL",
ont = "BP",
pvalueCutoff = 0.05,
qvalueCutoff = 0.05)
# 查看富集结果
print(enrichResult)
```
请注意,上述代码中的geneSet是一个包含基因名称的向量,org.Hs.eg.db是一个用于映射基因ID和注释信息的数据库。你可以根据自己的需求选择合适的数据库。
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