我有3000棵24个物种的基因树，这24个物种可以分成三个属。A属有9种D1属有10种，D2属有4个物种，加一个外群。基因树的拓扑结构可能有以下四种情况。第一是A属和D1属在一个分支上，D2属单独一个分支。第二是A属和D2属在一个分支上，D1属单独一个分支。第三是D1和D2属在一个分支上，A属单独一个分支。第四是均不符合上述情况。请帮我写一段代码把这些基因树按照四种情况进行分类

以下是一个示例代码，可以帮助您将基因树按照四种情况进行分类：

import dendropy

# 读取基因树文件
tree_file = "gene_trees.nex"
trees = dendropy.TreeList.get(path=tree_file, schema="nexus")

# 定义分类结果的字典
categories = {
    "A-D1-D2": [],
    "A-D2-D1": [],
    "D1-D2-A": [],
    "Other": []
}

# 遍历每棵基因树
for tree in trees:
    # 获取树中的物种列表
    taxa = tree.taxon_namespace

    # 获取A属、D1属和D2属的物种数量
    a_count = sum(1 for taxon in taxa if taxon.label.startswith("A"))
    d1_count = sum(1 for taxon in taxa if taxon.label.startswith("D1"))
    d2_count = sum(1 for taxon in taxa if taxon.label.startswith("D2"))

    if a_count == 9 and d1_count == 10 and d2_count == 4:
        categories["A-D1-D2"].append(tree)
    elif a_count == 9 and d2_count == 4 and d1_count == 10:
        categories["A-D2-D1"].append(tree)
    elif d1_count == 10 and d2_count == 4 and a_count == 9:
        categories["D1-D2-A"].append(tree)
    else:
        categories["Other"].append(tree)

# 输出分类结果
for category, trees in categories.items():
    print(f"Category: {category}")
    print(f"Number of trees: {len(trees)}")
    print("")

    # 如果需要，可以将分类结果保存到文件中
    # trees.write(path=f"{category}_trees.nex", schema="nexus")

请先确保安装了 `dendropy` 库，然后将基因树文件（格式为 `Nexus`）命名为 `gene_trees.nex` 并与代码放在同一目录下。代码将读取基因树文件，并根据物种的数量和分类情况将基因树分为四个类别，并在控制台输出每个类别的基因树数量。

您可以根据实际情况对代码进行修改和调整，以适应您的具体需求。