DNA-seq全流程

DNA测序（DNA-Sequencing），也称为基因测序，是一个复杂的过程，用于确定生物体DNA分子中特定区域的核苷酸序列。以下是DNA测序的一般流程：

1. **样本获取**：从组织、血液、唾液等生物材料中提取DNA。这通常涉及细胞裂解、纯化和浓度测定。

2. **文库构建**：将DNA片段打断并添加接头，形成大小适中的DNA文库。常用的有 shotgun 测序（随机断裂）和 PCR 连接策略（选择性放大感兴趣区域）。

3. **扩增**：如果需要增加样本量，可能通过PCR技术扩增目标DNA片段。这一步骤可以保证每个复制都包含相同的序列信息。

4. **配对末端测序**：通过高通量测序平台（如Illumina、PacBio或ONT）对文库进行测序。这包括分条、接头去除、测序反应和数据生成。

5. **质量控制**：对原始测序数据进行质量评估，剔除低质量读段，确保后续分析的准确性。

6. **组装和拼接**：利用软件（如BWA、SPAdes或Canu）将短读段合并成连续的长链，得到初步的参考基因组或转录本。

7. **比对和注释**：将组装后的序列与已知参考数据库（如GenBank）进行比对，确定其功能区域（编码区、剪切位点等），并注释出基因、外显子、内含子等信息。

8. **数据分析**：统计比对结果，计算变异频率、结构变异、表达差异等，并进行生物学解释。

9. **结果解读**：基于测序数据的结果，研究人员进行生物学结论的推断，例如基因型检测、进化研究、疾病关联性分析等。