用sbatch执行此代码
时间: 2024-10-17 16:08:15 浏览: 36
要使用 `sbatch` 执行此 Python 脚本(假设脚本名为 `get_vasp_input.py`),你需要创建一个 SLURM 脚本来提交作业。以下是一个示例 SLURM 脚本 (`submit_job.sh`),你可以根据需要进行调整:
```bash
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=get_vasp_input
#SBATCH --output=output.log
#SBATCH --error=error.log
#SBATCH --partition=your_partition # 替换为你的分区名称
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=01:00:00 # 设置运行时间,例如 1 小时
#SBATCH --mem=4GB # 设置内存限制
module load python/2.7 # 加载所需的模块
source activate your_env # 如果使用虚拟环境,请激活
python get_vasp_input.py -t mp -f poscar your_poscar_file.poscar
```
### 解释
1. **SBATCH 指令**:
- `--job-name`: 作业名称。
- `--output`: 标准输出文件路径。
- `--error`: 错误输出文件路径。
- `--partition`: 分区名称,替换为你实际使用的分区。
- `--nodes`: 使用的节点数。
- `--ntasks`: 任务数。
- `--cpus-per-task`: 每个任务的 CPU 数。
- `--time`: 作业的最大运行时间。
- `--mem`: 每个节点的内存限制。
2. **加载模块和激活环境**:
- `module load python/2.7`: 加载 Python 2.7 模块。
- `source activate your_env`: 激活虚拟环境(如果适用)。
3. **执行脚本**:
- `python get_vasp_input.py -t mp -f poscar your_poscar_file.poscar`: 运行 Python 脚本,并传递必要的参数。你可以根据需要调整参数。
### 提交作业
保存上述 SLURM 脚本到文件 `submit_job.sh`,然后在终端中提交作业:
```bash
sbatch submit_job.sh
```
这将提交作业到 SLURM 队列系统,作业将在指定的资源下运行。
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