如何使用Radiomics库将numpy数组`mask=np.ones(image1.shape[:2], np.uint8)`转换为可识别的文件格式(如.nrrd或.mha)?
时间: 2024-10-21 17:08:04 浏览: 26
Python库 | collageradiomics-0.1.2.1.dev2.tar.gz
Radiomics是一个Python库,用于从医学图像提取定量特征。要将numpy数组转换为像.nrrd(神经成像原始数据格式)或.mha(Medical Heritage Archive)这样的常见医疗图像文件格式,你可以使用一些专门处理医疗影像的第三方库,如SimpleITK或Pydicom。
以下是使用SimpleITK(Simple Imaging Toolkit)的一个步骤示例:
```python
import SimpleITK as sitk
# 将numpy数组转换为sitk.Image
image = sitk.GetImageFromArray(mask)
# 定义输出文件路径
output_path = "example_file.nrrd" # 或者 example_file.mha
# 写入文件
sitk.WriteImage(image, output_path)
```
如果你需要保存为.mha格式,可以尝试这样做(注意SimpleITK对.mha的支持可能因版本而异):
```python
if ".mha" in output_path:
image = sitk.Cast(image, sitk.sitkInt16) # 可能需要将uint8转换为适合mha的类型
sitk.WriteImage(image, output_path, True) # 使用True表示保存为.mha格式
```
记得安装SimpleITK(如果尚未安装):
```bash
pip install SimpleITK
```
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