Linux下多中心扩散图像预处理的Matlab代码实现

资源摘要信息:"matlab扭曲矫正代码-Multicenter_Diffusion_Preprocessing" 1. MATLAB扭曲矫正代码简介 在分析脑部扩散加权成像（DWI）数据时，由于各种因素（如头部运动、b0不均匀性、涡流效应等）会导致图像扭曲和伪影，进而影响图像质量。为了提高数据的准确性和可靠性，需要对这些图像进行扭曲矫正。本资源提供的MATLAB代码正是为了这一目的，能够在校正头部运动以及由b0不均匀性和涡流引起的变形方面发挥作用。 2. 代码运行环境 代码适用于Linux系统，已在中国科学技术大学（ZJU）的高性能计算集群中进行了测试并成功运行在CentOS 6.7版本上。用户在使用前应确保自己的系统环境满足代码运行条件。 3. 所需软件和工具 - FSL（FMRIB Software Library）：FSL是英国牛津大学开发的一套广泛用于神经影像学的软件工具集，包括头部运动校正、图像扭曲校正等功能。本代码中主要使用了其中的TOPUP和EDDY工具。 - MATLAB：MATLAB是一个高性能的数值计算环境和第四代编程语言，本代码中部分预处理步骤可能是用MATLAB编写的，故需要安装MATLAB软件。 4. 功能特点 - 使用prep_diffusion.sh脚本，基于FSL的预处理流水线，能够对扩散加权图像（DWI）进行头部运动校正及图像扭曲校正。 - 自动生成功能：能够自动生成FSL命令所需的所有中间参数和文件，简化了预处理流程。 - 适用范围：只要b0图像具有相反的相位编码方向，并且序列的ACQ读出时间已知，该脚本也能够处理其他类型的扩散数据。 5. 面部去除 prep_face_removal.sh脚本是用于在DWI和T1加权图像上剥离大脑颅骨的工具，这有助于后续的图像分析处理，特别是在进行皮层或皮下组织的研究时。 6. 性能描述 根据资源描述，使用该预处理代码进行一次扫描数据处理需要7到9个小时的时间。处理时间的长短可能受到计算机硬件配置、计算资源以及数据量大小等多种因素的影响。 7. 软件兼容性和可选功能 资源描述中提到了一些“仅用于面部去除”和“可选”的软件或工具，但并未具体说明这些软件的功能和配置需求，因此需要额外参考文档或直接联系作者获取详细信息。 8. 脚本功能详细说明 - example.sh：一个示例脚本，可能用于演示如何调用prep_diffusion.sh和prep_face_removal.sh脚本进行数据预处理。 - prep_diffusion.sh：利用FSL的TOPUP和EDDY工具进行头部运动校正和图像扭曲校正的预处理流程。 - prep_face_removal.sh：用于T1加权图像和DWI图像的面部去除处理。 9. 标签及项目结构 - 系统开源：表明该资源是开源的，用户可以自由获取、修改和使用代码，但使用时需要注意遵守相应的开源协议。 10. 项目文件结构 - Multicenter_Diffusion_Preprocessing-master：这是压缩包子文件的文件名称列表，表明了压缩包解压后的主要目录名。用户在获取该资源后，需要将解压得到的文件按照该目录结构进行管理，以便正确运行脚本和使用相关功能。 综上所述，该MATLAB扭曲矫正代码为脑部扩散加权图像提供了有效的预处理方案，能大幅提升后续分析处理的数据质量。其在高性能计算集群上的处理能力，适合处理大规模多中心扩散成像数据集，对于脑科学研究具有重要的实用价值。