Perl实战：计算FASTA序列长度与GC含量入门教程

《Perl语言入门实战习题》是一套旨在帮助初学者熟悉和实践Perl编程的习题集，主要关注于处理生物信息学中的FASTA格式文件。其中两个具体的题目是关于计算FASTA文件中每条序列的长度和GC含量。 1. 计算每条序列长度： 该部分习题涉及到如何通过Perl脚本读取和解析FASTA格式的输入文件，如示例所示： - 首先，脚本检查命令行参数，确保有两个参数：输入文件名和输出文件名。如果参数数量不正确，脚本会给出使用说明。 - 使用`open`函数打开输入文件（`$infile`）和输出文件（`$outfile`），并定义输入记录分隔符`$/`为">"，以便在处理多条序列时跳过序列标识行。 - 通过`while`循环逐行读取文件，将每一条包含序列的行（去除首行的序列ID）和序列本身赋值给变量`$seq`。 - 使用正则表达式提取序列ID（存储在`$id`变量中），然后移除末尾的">"字符，并删除序列中的空白字符。 - 接着，计算序列的长度（存储在`$len`变量中），并将其格式化为`$id\t$len`的形式写入输出文件。 - 最后，恢复默认的输入记录分隔符，并关闭文件句柄。 2. 计算每条序列的GC含量： 此部分习题与前一题类似，但增加了对GC含量的计算。脚本首先确保命令行参数正确，然后继续执行以下步骤： - 读取输入文件，逐行处理，但在计算GC含量时，需要额外处理序列中的碱基，将`$seq`变量转换为字符数组，统计'A'、'C'、'G'和'T'的个数，然后计算GC比例。 - 计算GC含量后，将`$id`和GC百分比格式化后写入输出文件。 - 关闭文件句柄后，整个过程完成。 这些习题着重锻炼了Perl编程中的文件操作、正则表达式、数据处理以及基本的命令行参数管理。它们不仅有助于理解Perl的基本语法，还提供了在实际项目中应用Perl进行文本分析和数据处理的实践经验。对于希望学习Perl编程的读者来说，这是一个很好的实战起点。