R语言入门：掌握ape包函数探索与程序包管理

R语言入门教程 R语言，作为一门强大的统计计算和图形展示工具，起源于二十世纪七十年代的S语言，由Rick Becker、John Chambers和Allan Wilks在贝尔实验室开发。S语言的成功催生了商业软件Splus，后来新西兰Auckland大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka在1995年发布了R软件，它是S语言的一个开源替代品，其命令集即为R语言。R语言因其开源特性，拥有免费且跨平台支持（包括Windows、MacOS和多种Linux及UNIX系统），允许用户通过命令行输入和编写函数、脚本来进行数据处理和分析。 R语言的核心优势在于其丰富的扩展性，通过The Comprehensive R Archive Network (CRAN)提供的约2100个程序包，覆盖了广泛的领域，如基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学和生物信息学等，这使得它能满足各种专业领域的数据分析需求。其中，程序包是R语言的重要组成部分，它们是包含一组相关函数、数据、帮助文档和描述文件的集合，如基础功能的base-R包、统计学功能的stats包以及nlme包用于非线性混合效应模型的建模。 学习R语言的步骤包括： 1. **R简介**：理解R语言的起源，掌握其开源性质，知道可以在不同操作系统上运行，以及R语言的基本操作方式，如命令行输入和脚本编写。 2. **函数与对象**：学习R中的函数和对象概念，理解如何创建、调用和管理这些基本单元。 3. **编写脚本**：实践编写简单的R脚本，进行数据处理和基本分析任务。 4. **R绘图**：掌握R语言的绘图能力，学会使用各种图表类型来可视化数据。 5. **编写函数**：学习如何编写自定义函数，提升编程效率和代码复用性。 6. **数据保存**：了解数据存储的最佳实践，包括如何在R中读取和保存数据，以及利用R包如"data.table"或"HDF5"进行高效数据管理。 安装R的过程可以通过CRAN下载R-2.9.2-win32.exe，然后按照提示进行安装，熟悉R的菜单栏、快捷按钮和控制台等界面元素。在实际应用中，可能会遇到特定分析需求，如系统发育分析和群落生态学研究，这时就需要安装和使用对应的程序包，如ape和vegan。 在学习过程中，要善于利用R的程序包管理器来搜索、安装和加载所需的包，同时不断探索和理解这些包的功能和用法，以提高数据分析的效率和质量。R语言的学习是一个持续深化的过程，随着对基础和高级功能的熟练掌握，你会逐渐成长为一名R语言专家。