非参数隐马尔可夫模型的EM算法与光谱学习实现

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资源摘要信息:"em算法matlab代码-nphmm:具有非参数排放的隐马尔可夫模型" 隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model, HMM)是一种统计模型,用于描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。在HMM中,系统被认为是一个马尔可夫过程,但是系统状态无法直接观测,只能观测到与状态序列相关的一系列观测值。HMM广泛应用于语音识别、生物信息学、自然语言处理等领域。然而,传统的HMM模型通常假定观测值的概率分布是已知的,这在现实应用中往往不成立。为了更灵活地建模,引入了非参数排放的隐马尔可夫模型(Nonparametric Emissions HMM, nphmm)。 非参数排放的隐马尔可夫模型是将传统HMM中的观测概率分布替换为非参数方法来估计,例如通过核密度估计(Kernel Density Estimation, KDE)来逼近观测数据的真实分布。KDE是一种非参数方法,可以估计任意形式的概率密度函数,而无需假设数据分布的具体形式。 在给定的文件中,提供了两种学习算法用于训练非参数排放的HMM:天真非参数EM算法和基于连续矩阵分解的光谱学习算法。天真非参数EM算法是对经典期望最大化(Expectation-Maximization, EM)算法的一个扩展,适用于非参数情形;光谱学习算法则是一种较新的方法,通过矩阵分解技术来学习模型参数。 为了使用提供的MATLAB代码,需要执行以下步骤: 1. 克隆存储库: 使用git命令递归克隆存储库,并确保子模块chebfun也被正确克隆。命令如下: ``` git clone --recursive *** ``` 2. 安装库: 将库文件夹lib添加到MATLAB的路径中,并运行chebfun的设置命令,如下: ``` addpath(genpath('lib')) chebfun_setup() ``` 3. 运行测试: 为了验证库是否正常工作,可以运行测试命令: ``` runtests('tests') ``` 4. 使用库: 该库提供了两个主要类:npHMM和npObsHMM,分别对应非参数HMM及其可观察的表示形式。同时,提供了learnNPHMM函数,可以使用EM算法或频谱方法从提供的数据中训练模型。关于使用该库的更多示例和用法,可以在example文件中找到。 总结来说,该资源是一个开源的MATLAB工具包,旨在帮助研究人员和开发者使用非参数排放的隐马尔可夫模型进行数据建模和分析。它提供了核心算法的实现,并通过实例和测试来确保代码的正确性和可靠性。这对于需要非参数模型来处理观测数据分布复杂性或不规则性的研究者来说,是一个宝贵的工具。
2011-10-09 上传
hmm算法matlab实现和实例 hmm_em.m function [LL, prior, transmat, obsmat, nrIterations] = ... dhmm_em(data, prior, transmat, obsmat, varargin) % LEARN_DHMM Find the ML/MAP parameters of an HMM with discrete outputs using EM. % [ll_trace, prior, transmat, obsmat, iterNr] = learn_dhmm(data, prior0, transmat0, obsmat0, ...) % % Notation: Q(t) = hidden state, Y(t) = observation % % INPUTS: % data{ex} or data(ex,:) if all sequences have the same length % prior(i) % transmat(i,j) % obsmat(i,o) % % Optional parameters may be passed as 'param_name', param_value pairs. % Parameter names are shown below; default values in [] - if none, argument is mandatory. % % 'max_iter' - max number of EM iterations [10] % 'thresh' - convergence threshold [1e-4] % 'verbose' - if 1, print out loglik at every iteration [1] % 'obs_prior_weight' - weight to apply to uniform dirichlet prior on observation matrix [0] % % To clamp some of the parameters, so learning does not change them: % 'adj_prior' - if 0, do not change prior [1] % 'adj_trans' - if 0, do not change transmat [1] % 'adj_obs' - if 0, do not change obsmat [1] % % Modified by Herbert Jaeger so xi are not computed individually % but only their sum (over time) as xi_summed; this is the only way how they are used % and it saves a lot of memory. [max_iter, thresh, verbose, obs_prior_weight, adj_prior, adj_trans, adj_obs] = ... process_options(varargin, 'max_iter', 10, 'thresh', 1e-4, 'verbose', 1, ... 'obs_prior_weight', 0, 'adj_prior', 1, 'adj_trans', 1, 'adj_obs', 1); previous_loglik = -inf; loglik = 0; converged = 0; num_iter = 1; LL = []; if ~iscell(data) data = num2cell(data, 2); % each row gets its own cell end while (num_iter <= max_iter) & ~converged % E step [loglik, exp_num_trans, exp_num_visits1, exp_num_emit] = ... compute_ess_dhmm(prior, transmat, obsmat, data, obs_prior_weight); % M step if adj_prior prior = normalise(exp_num_visits1); end if adj_trans & ~isempty(exp_num_trans) transmat = mk_stochastic(exp_num_trans); end if adj_obs obsmat = mk_stochastic(exp_num_emit); end