图论基础:最短路算法与强连通分量SCC解析

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"SCC是Strongly Connected Component的缩写,是图论中的一个重要概念,特别是在有向图中。在有向图中,如果节点u能够到达节点v,同时节点v也能回到节点u,那么我们说u和v是相互可达的。如果图中任意两个节点都是相互可达的,它们就属于同一个强连通分量(SCC)。值得注意的是,有向图和它的转置(即所有边的方向反转)具有相同的强连通分量。所有SCC组合在一起形成一个有向无环图(DAG)。 图论中的最短路算法是解决一系列问题的关键工具,这些算法不仅理论性强,而且在实际应用中有着广泛的价值。例如,最短路问题可以用于解决旅行规划、物流配送等场景中的路径优化问题。在给定的有向加权图G=(V,E)中,每个节点代表一个位置,每条边(e)带有权重(w_e),表示从一个位置到另一个位置的距离或成本。最短路径问题的目标是找到从源节点u到目标节点v的最小总权重路径。 最短路算法有多种实现方式,如Dijkstra算法、Bellman-Ford算法、Floyd-Warshall算法等。Dijkstra算法适用于没有负权重边的情况,它通过维护一个优先队列来逐步扩展最短路径。Bellman-Ford算法则能处理含有负权重边的图,但需要进行V-1次迭代以确保找到所有可能的最短路径。Floyd-Warshall算法则在求解所有节点对间的最短路径,它通过更新所有可能的中间节点来寻找最短路径。 生成树问题在图论中也占据重要地位,比如Prim算法和Kruskal算法用于求解加权图的最小生成树,目的是找到连接所有节点的边的集合,使得这些边的总权重最小。 图论中的圈和块问题涉及到寻找图中的环路和分割图的结构。例如,Tarjan算法和Kosaraju算法常用来高效地检测和分解强连通分量。 简单网络流问题关注在给定容量限制的边的网络中,如何从一个源节点向一个汇点有效地传输流量。这个问题有多种解法,如Ford-Fulkerson算法和Edmonds-Karp算法,它们都基于增广路径的概念来逐步增加网络中的最大流量。 SCC的概念和图论中的这些算法在计算机科学,特别是数据结构和算法领域,是必须掌握的知识点。理解和掌握这些理论可以帮助我们解决实际生活中的各种复杂问题,比如交通网络优化、通信网络设计等。"

解释这段代码cal_correlation<-function(interaction_tab,ex1,ex2,filter){ cat('calculating correlation\n') if (ncol(interaction_tab)==2){ cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) corr <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { xcor=cor(t(ex1[interaction_tab[i,1],]),t(ex2[interaction_tab[i,2],]), method = "pearson") return(xcor) } ) stopCluster(cl) res<-cbind(interaction_tab,corr) res<-res[abs(res[,3])>filter,] return(res) }else if (ncol(interaction_tab)==3){#abandoned cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) mydata1 <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { cox_all=matrix(nrow = 3, ncol = 1) ce1_1= as.character(interaction_tab[i,1]) ce2_1= as.character(interaction_tab[i,2]) miRNA1= as.character(interaction_tab[i,3]) s1<-cbind(t(ex2[ce1_1,]), t(ex2[ce2_1,]), t(ex1[miRNA1,])) xcor=cor(s1,method = "pearson") cox_all[1,1]=xcor[2,1] cox_all[2,1]=xcor[3,1] cox_all[3,1]=xcor[3,2] return(cox_all) } ) stopCluster(cl) scc<-data.frame(mydata1) scc<-t(scc) res<-cbind(interaction_tab,scc) colnames(res)<-c('x','y','miRNA','x_y','mi_x','mi_y') #post process of corr res<-res[res$x_y>filter,]#select triplets with |pcc|>filter res<-res[abs(res$mi_x)>filter & abs(res$mi_y)>filter & (res$mi_y)*(res$mi_x)>0,] return(res) } }

2023-07-13 上传

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