Psim：NGS测序数据模拟工具，1.0版使用指南

Psim是一款专为实验生物信息学设计的Perl编程语言编写的序列模拟器，主要用于模拟NGS（Next Generation Sequencing）测序数据，版本为1.0.0，发布于2013年6月16日。这款工具提供了高度定制化的选项，能够模拟各种类型的测序实验场景，包括但不限于： 1. **测序技术**：支持固定长度（如Illumina或SOLiD）和随机长度（如Roche 454、Ion Torrent或PacBio）的测序，以及单端（single-end sequencing）和双端（pair-end sequencing）模式。 2. **样本类型**：适用于常规或损伤DNA样本，以及基因组DNA或cDNA的测序，允许用户引入结构变异（SV）和单核苷酸多态性（SNP）作为模拟参数。 3. **样本处理流程**：模拟了真实实验流程，包括模板DNA变异、DNA片段损伤（在损伤DNA测序步骤中特别提及）、预扩增、单链或双链建库、随机打断、添加测序特异性接头或PE连接序列，以及引入测序错误和计算质量值。 4. **获取与安装**：用户可以从SourceForge网站下载Psim软件包，前提是计算机上已经安装了Perl。对于Linux用户，通常预装有Perl，但Windows用户可能需要从ActiveState下载并安装ActivePerl。Psim依赖的Math-Random模块可以通过CPAN（Comprehensive Perl Archive Network）模块自动安装，但首次运行可能需要管理员权限。 Psim是一款强大的实验工具，帮助研究人员更好地理解和预测NGS数据的潜在特性，以及模拟不同实验条件下的结果，这对于数据分析和实验设计具有重要意义。通过灵活的参数设置，用户可以根据实际需求生成符合特定测序平台和实验设计的模拟数据，从而节省成本并验证分析方法。