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Psim 用户使用手册
名称:Psim-a pilot study sequencing simulator
作者:Rachel Wu(rachelwu123@gmail.com),BENM Feng(BinxiaoFeng@gmail.com)
版本:1.0.0
更新日期:2013.06.16
依存包:perl,Math-Random 模块
简要描述:
Psim 是一个用来模拟 NGS 测序数据的实验软件包,用 perl 语言编写。它可以模拟固定
读长长度(如 illumina 或 SOLiD)或随机读长长度(如 Roche 454、Ion Torrent 或 PacBio)、
单端测序(single end sequencing)或者双端测序(pair-end sequencing)、常规样本测序或损
伤 DNA 样本测序、基因组 DNA 或 cDNA 测序等。用户可以提供指定的模拟参考序列,或者
由程序根据设定长度随机生成参考序列。模拟数据与参考序列之间可以存在结构变异
(structure variation)或单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism),这些参数可指定
位点、区域及相应概率生成或随机生成。
在 Psim 程序的流程设计中,模拟了真实样本的处理过程,包括:模板 DNA 与已知序列
的变异、*DNA 片段损伤,*样品预扩增,*单链建库/双链建库,建库过程随机打断、加入测
序特异性接头(adapter)或 PE 连接序列(linker)、测序错误的产生、生成测序质量值等。
*标记特指损伤 DNA 测序步骤。
获取及安装:
Psim 软件包可以在 sourceforge 网站(https://sourceforge.net/projects/pilotsim/)下载。
Psim 依赖于 perl 语言,用户需在安装了 perl 软件的计算机上使用;程序中使用到了
Math-Random 的生成泊松分布数函数,用户需自行安装该模块。
Perl 安装方式:
1) Linux 系统中通常以预先安装了 perl 程序,无需重复安装;
2) Windows 系统用户请在 activestate 网站(http://www.activestate.com/activeperl)下
载并安装 activeperl。
Math-Random 模块安装方式:
1) 使用 CPAN 模块自动安装(需要 root 权限):
#Linux 用户
perl –MCPAN –e shell
#初次运行需要做一些设置,选择 CPAN 镜像站点
cpan>install Math::Random
cpan>q
#windows 用户
ppm
ppm>install Math::Random
2) 手动安装