探索KEGG:手绘通路与KO分类的解析
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更新于2024-07-27
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KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是生物学领域的重要数据库,主要用于整合和分析基因组数据、代谢途径和分子互动信息。其中的核心内容是pathway,这些pathway是根据生物学领域的专业知识和研究结果人工构建的,用一种特定的语言格式描述各个生化反应和分子之间的相互作用。这些手绘的路径反映了科学家们对生物过程的理解,包括酶的激活、调控和抑制机制。
基因组信息在KEGG中主要来源于NCBI(National Center for Biotechnology Information)等权威数据库,包含完整的基因序列,同时也有未完成的预测数据,这些草图对于推测功能和预测蛋白质结构具有参考价值。KEGG中的关键概念是KO(KEGG Orthology),这是一个基于序列相似性和功能相似性的蛋白质分类系统。如果两个蛋白质在同一条代谢通路中发挥相似的功能,并且序列有高度一致性,它们就会被归为同一KO类别,通过K或KO编号进行标识。
在KEGG的界面中,用户可以通过pathway entry菜单访问代谢通路图。点击"Ortholog table"可以查看不同物种中与特定KO分类相关的酶的信息,包括基因编码、物种分布和具体酶的名称、功能等。例如,当你查看KO分类K00844时,可以看到它在不同物种中存在的酶类型及其在代谢途径中的角色。
图例部分,方框通常代表酶,其内部的5.4.2.2是一个酶的EC(Enzyme Commission)编号,而非IP(Inhibitor Profile)。小圆圈则表示代谢中间产物或催化剂,用于表示反应步骤。浏览KEGG代谢通路图时,用户可以理解酶的作用位置、通路的动态调控以及物种间的异同。
KEGG是一个强大的工具,通过它,研究人员可以探索生物化学反应网络,了解基因功能的进化关系,以及跨物种的比较分析,从而深化对生命科学的理解。通过分析KEGG中的pathway和 Ortholog table,科学家能够发现新的生物学机制,推动药物研发和基因工程等领域的发展。
2017-12-12 上传
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2023-05-29 上传
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muhuangzero
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