Lammps单双线程安装教程与FFTW并行设置详解

本篇文档提供了LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）的安装教程，分为非并行安装和并行安装两部分。LAMMPS是一款广泛应用于分子动力学模拟的开源软件，主要用于研究材料科学、生物物理、化学动力学等领域。 **一、LAMMPS非并行安装步骤：** 1. 首先，进入/mnt目录，将lammps.tar.gz文件解压并重命名到'lmp'，然后进入'lmp/src/STUBS'目录，清除原有编译对象并进行编译。在这个过程中，需要修改Makefile.serial中的编译器设置，将CC=g++4和LINK=g++4等改为实际使用的编译器，如g++。接着，执行`make clean-all`和`make serial`命令来构建单线程版本的lmp_serial可执行文件。 2. 计算示例时，通过`cd`到相关的example目录（如'shear'），拷贝lmp可执行文件并运行`./lmp <in.shear>`，开始进行分子动力学模拟。 **二、LAMMPS并行安装：** 并行安装涉及到FFTW（Fast Fourier Transform in the West）库，用于处理快速傅立叶变换。首先，在/mnt目录下解压fftw-2.1.5.tar.gz，配置FFTW，指定安装路径为/opt/fftw，并启用float支持。然后，编译和安装FFTW，确保其成功构建后，可以用于LAMMPS的并行计算。 在并行安装LAMMPS时，需要在Makefile中添加FFTW的链接选项，并可能需要调整其他设置以支持多处理器或分布式计算。完成后，将生成支持并行运算的lmp可执行文件。 总结来说，这篇教程详细地介绍了如何在Linux环境下安装LAMMPS，无论是单线程还是并行版本，包括了必要的编译设置和命令行操作。对于那些希望使用LAMMPS进行复杂模拟的用户，理解这些安装步骤是至关重要的，以确保软件能够在目标系统上高效运行。