MATLAB主成分分析(PCA)压缩包教程

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0 下载量 31 浏览量 更新于2024-10-22 收藏 874B RAR 举报
资源摘要信息:"本资源包含了主成分分析(PCA)的Matlab实现文件。PCA是一种常用的数据降维方法,通过线性变换将数据从原始空间转换到新的坐标系统中,新坐标系统的基向量被称为主成分。主成分分析的目的是为了提取数据中的主要信息,减少数据的复杂性,同时保留数据中最重要的变异性。这在处理高维数据时尤其有用,比如在图像处理、信号处理、统计分析等领域。PCA能够帮助我们识别数据中的模式和结构,去除噪声和冗余信息,从而简化数据结构并为后续的数据分析工作提供便利。本资源中的Matlab程序实现PCA,通过一个名为pca.m的文件提供了PCA算法的执行,用户可以通过修改此文件中的参数来进行个性化设置。此外,还有一个***.txt的文本文件,可能包含有关资源的描述、使用说明或相关信息链接。" 知识点详细说明: 1. 主成分分析(PCA)概念 主成分分析(PCA)是一种统计方法,它通过正交变换将一组可能相关的变量转换为一组线性不相关的变量,这些新变量称为主成分。主成分按照方差大小依次排列,第一主成分具有最大的方差,第二主成分具有次大的方差,以此类推。因此,主成分分析可以看作是降维的过程,它能够减少数据的维度,并尽可能保留原始数据的变异信息。 2. PCA在数据分析中的应用 PCA在数据分析中有广泛的应用,例如: - 图像处理:用于图像压缩、特征提取、噪声消除等。 - 信号处理:用于信号降噪、信号识别等。 - 生物信息学:用于基因表达数据分析、模式识别等。 - 机器学习:用于数据预处理、特征提取等。 - 统计分析:用于数据可视化、数据解释等。 3. PCA的实现原理 PCA的核心在于寻找数据的协方差矩阵的特征向量。在Matlab中,这通常通过以下步骤实现: - 数据标准化:将数据按列进行中心化(减去平均值)和归一化(除以标准差),使得每个特征对主成分的贡献不受量纲影响。 - 计算协方差矩阵:协方差矩阵反映了特征之间的相关性。 - 计算特征值和特征向量:特征向量指向数据散布最大的方向,而特征值大小表示沿该方向的散布程度。 - 选择主成分:根据特征值大小,选择前k个最大的特征值对应的特征向量,作为主成分。通常会选择累计贡献率达到一定阈值(比如85%)以上的特征值对应的特征向量。 - 数据转换:利用选取的特征向量转换原始数据到主成分空间。 4. Matlab中的PCA实现 在Matlab中实现PCA,一般会使用内置函数,例如`pca`函数,或者自定义函数来完成。本资源中的pca.m文件提供了一个PCA算法的实现,用户可以执行这个脚本进行PCA分析。Matlab中的pca函数可以自动计算协方差矩阵,找到特征向量和特征值,并根据指定的参数进行降维处理。 5. 数据降维的影响 数据降维虽然能够减少计算复杂度,提高计算效率,但也存在风险。降维可能导致信息损失,尤其是当降维后的数据无法完整地代表原始数据的结构和特征时。因此,在使用PCA进行数据降维时,需要仔细选择主成分的数量,以确保降维后的数据仍能有效地代表原始数据的信息。 6. PCA的局限性 虽然PCA是一种强大的工具,但它也有局限性。PCA假设主要的信息是通过数据的线性组合来表示的,这可能不适用于所有类型的数据集。此外,PCA对异常值敏感,异常值可能会对协方差矩阵产生较大的影响,从而影响主成分的确定。在实际应用中,需要根据数据的特性来选择是否使用PCA,或者是否需要与其他降维技术结合使用。

import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.preprocessing import StandardScaler data=pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv') data.head() x=data.iloc[:,1:7] y=data.iloc[:,6] scaler=StandardScaler() scaler.fit(x) x_scaler=scaler.transform(x) print(x_scaler.shape) pca=PCA(n_components=3) x_pca=pca.fit_transform(x_scaler) print(x_pca.shape) #查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例 #可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了 print('explained_variance_:',pca.explained_variance_) print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_) print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_)) #将分析的结果保存成字典 result={ 'explained_variance_:',pca.explained_variance_, 'explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_, 'total explained variance ratio:',np.sum(pca.explained_variance_ratio_)} df=pd.DataFrame.from_dict(result,orient='index',columns=['value']) df.to_csv('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.csv') #可视化各个主成分贡献的方差 #fig1=plt.figure(figsize=(10,10)) #plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值 plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果 plt.figure() plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2) plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1 plt.title('PCA_plot_HN') plt.xlabel('components_n',fontsize=16) plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16) #plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png') plt.show(),想要将得出的结果value为3个标签PC1,PC2,PC3,如何修改

2023-06-10 上传
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