"PDB数据格式详解:HEADER、OBSLTE、TITLE详解及应用"
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更新于2024-01-30
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PDB数据格式是一种标准文件格式,其中包含了原子的坐标等信息。这些文件被提交给Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)并使用这种标准格式来存储结构信息。这种格式的文件提供了丰富的信息,包括作者、参考文献、结构说明等等。因此,对于大多数用户来说,了解这些内容已经足够。但是对于那些需要创建PDB文件的用户而言,建议参考PDB格式官方文档。
完整的PDB文件以文本格式给出信息,每一行信息称为一个记录。下面将对PDB文件中的几个重要记录进行详细解释:
1. HEADER:在PDB文件的开头,一般会有HEADER记录。这个记录会包含分子类、公布日期以及一个唯一的ID号来标识该分子。
2. OBSLTE:在某些情况下,一个ID号可能会被废弃,不再使用。OBSLTE记录用于注明该ID号已废弃,并提供一个新的ID号来替代它。
3. TITLE:标题记录会说明该实验是使用了哪种实验方法。这个记录可以帮助读者快速了解到该PDB文件对应的实验方法类型。
除了以上三个记录外,PDB文件可能还包含其他的记录,如作者(AUTHOR)、参考文献等。此外, PDB文件还提供了更详细的结构描述,如二硫键、螺旋、片层、活性位点等。这些信息对于研究蛋白质的结构和功能具有重要意义。
值得注意的是,在使用PDB文件时需要谨慎,因为一些建模软件可能不支持错误的输入格式。因此,在处理PDB文件时,确保按照规定的格式进行操作。
总结来说,PDB数据格式是一种标准文件格式,用于存储蛋白质结构的信息。PDB文件中包含了各种记录,如HEADER、OBSLTE、TITLE等,这些记录能够帮助用户快速了解到PDB文件对应的分子类、实验方法类型等信息。此外,PDB文件还提供了详细的结构描述,包括作者、参考文献以及结构特征等。在使用PDB文件时,需要遵循规定的格式,以确保正确操作。
2023-04-24 上传
2023-03-13 上传
2023-06-21 上传
2023-03-14 上传
2023-06-02 上传
2023-04-05 上传
2023-06-13 上传
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