第
卷第
期
年
月
江苏师范大学学报(自然科学版)
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)
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收稿日期 :
基金项目 :中国博士后 科 学 基 金 资 助 项 目 (
,
),中 央 高 校 基 本 科 研 业 务 费 专 项 基 金 资 助 项 目 (
,
),霍英东教育基金会青年教师基金资助项目(
)
作者简介 :孙磊,男,博士研究生,主要从事生物信息处理的研究
引文格式 :孙磊,徐钊
基于
差异的可变剪接分析
江苏师范大学学报:自然科学版,
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:
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):
基于
Jensen-Shannon
差异的可变剪接分析
孙
磊,徐
钊
(中国矿业大学 信息与电气工程学院,江苏 徐州
)
摘要:针对传统方法仅能分析基因的单一可变剪接 模 式 的问 题,设计 了 一 种基 于
(
)差 异的 生 物
信息学方法
,用以分析基因在转录本水平的多可变剪接模式
将
应用于小鼠 转录 因子
敲除 实验
的
数据,预测出
个发生了可变剪接变化 的 基因,并 在 转录 本 水 平对 这 些 基因 的 可 变剪 接 模 式进 行 了
分析
通过基因功能富集分析,发现其中有两个基因
、
与
能够显著 富集 在红 血球 发育、分化 及
动态平衡的生物过程
结果表明,
可预测到与生物功能相关的可变剪接基因,并能 够分 析转 录本 水平 的可 变
剪接模式
关键词:可变剪接;
差异;
;基因功能富集分析
中图分类号:
,
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文献标识码:
文章编号:
(
)
Alternatives
p
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Abstract
:
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—
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words
:
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)
0
引言
剪接(
)指的是前体
的内含子 去除、外显子接 合的过程,它是成熟
形成的重要机制
可变剪接(
,
,也叫选择性剪接)是指相对于基因主要剪接模式之外的其他剪接模式
不
同的可变剪接模式能够产生不同的
,它是 蛋 白 质 多 样 性 的 根 本 原 因
[
]
等 通 过 对 小 鼠 的
脑、肝脏和骨骼肌的转录组进行测序发现,其中约有
个表达基因发生了可变剪接
[
]
相关研究预测,超
过
的人类基因存在可变剪接
[
]
可变剪接不仅对细胞的分化、发育及生理功能有着重要意义,还与癌
症
[
]
、老年痴呆症(
)、囊性纤维化(
)等疾病的发生有关联
[
,
]
可变剪
接异构体的形成和表达 受 到 了 顺 式 作 用 序 列 (
)、反式 作 用 剪 接 因 子(
)与组蛋白修饰(
)的共同作用
常见的 可变剪接 模式有可 变启动子(
)、外显 子 跳 跃 (
)、内 含 子 保 留 (
)、可 变 供 体 位 点 (
)、可变受体位点(
)、第一或最后外显子(
)的可变使用 以
及可变的
位点
[
]
等
可变剪接研究可分为两个层面:一是对可变剪接异构体的预测,可通过 测序或者 基因芯片 的方法获 得;
二是分析基因在不同条件间发生的可变剪接变化,即异构体相对表达量的变化,这种变化可能与特定的生物