重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体对接计算：ABEEMσπ/MM模型研究

"这篇论文应用了原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM)模型，对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域(K1Pg)与五种不同的配体分子进行半柔性对接计算。这五种配体包括ε-Aminocaproic acid (EACA)、trans-4-(Aminomethyl)cyclohexane-1-carboxylic acid (AMCHA)、L-Lysine (Lys)、7-Aminoheptanoic acid (7-AHA)和Benzylamine。通过ABEEMσπ/MM模型的优化，得到了与实验晶体结构相近的复合物K1Pg/EACA和K1Pg/AMCHA的结构。同时，论文计算了这五种配体与K1Pg的结合能，得出的结合能大小顺序与实验中测得的平衡结合常数Ka值顺序一致，进一步验证了该模型的适用性。" 本文是一篇自然科学领域的论文，专注于蛋白质结构与配体相互作用的研究。作者通过ABEEMσπ/MM模型，这是一种分子力学计算方法，用于模拟生物大分子与小分子间的相互作用。此模型基于原子-键电负性均衡，能更准确地描述分子间的电子分布和相互作用力。 在该研究中，研究对象是重组人纤溶酶原Kringle 1结构域(K1Pg)，它在人体内参与纤维蛋白的溶解过程，具有重要的生理功能。K1Pg与五种不同配体的相互作用被关注，因为这些配体可能影响纤溶酶原的活性。对接计算是一种常用的方法，用于预测和分析蛋白质与配体的结合模式和稳定性。 通过半柔性对接计算，即考虑了蛋白质和配体的部分动态特性，研究人员发现ABEEMσπ/MM模型能够有效预测K1Pg与EACA和AMCHA的复合物结构，这些结构与实验晶体结构非常接近，这表明该模型在分子对接中有较高的精度。此外，计算出的五种配体与K1Pg的结合能顺序与实验测量的结合常数Ka值顺序一致，这进一步证实了模型的可靠性，并为理解K1Pg与配体的相互作用提供了理论依据。 这项研究对于理解纤溶酶原的生物学功能，以及设计针对该酶的药物或抑制剂具有重要意义。通过理论计算，可以减少实验成本，提供对分子间相互作用的深入见解，有助于药物研发和疾病治疗。未来的研究可能进一步探索更多配体与K1Pg的相互作用，以及优化模型参数以提高预测精度。