ISDTool：精准预测HERV免疫抑制域的计算模型

ISDTool是一个创新的计算模型，专为预测人类内源性逆转录病毒（HERV）的免疫抑制域（ISD）而设计。HERV是一种存在于人类基因组中的古病毒，它们在多种慢性疾病如癌症、自身免疫疾病和神经功能障碍中可能发挥辅助病因的作用。ISD是逆转录病毒包膜基因（env）中跨膜蛋白（TM）的特定区域，具有高度的免疫抑制特性。以往的研究已经证实，与ISD同源的合成肽CKS-17能够影响免疫系统功能。 然而，由于HERV家族庞大，且大部分的ISD注释集中在少数病毒上，现有的通用软件在预测特定ISD的准确性上存在局限。ISDTool的提出解决了这一问题，它基于基因组序列分析，利用杰克刀测试（一种统计方法，通过排除部分数据进行验证模型性能）来优化预测准确度，达到了97.9%。这个模型扫描了117个HERV家族，共识别出1002个新的推测性ISD，并对人类染色体上的这些区域进行了注释。 ISDTool的适用范围不仅限于HERV，其进化关联使得它还可以用于搜索其他与人类有相似进化关系的逆转录病毒，如人T嗜性病毒（HTLV）、猿猴T嗜性病毒（STLV）以及鼠白血病病毒（MLV）。这种跨物种的应用扩展了ISD研究的视野，有助于了解不同病毒家族中免疫抑制机制的普遍性和差异。 为了方便科研人员使用这个模型，开发团队还提供了名为ISDTool的软件工具，用户可以通过该软件轻松地对目标序列进行ISD预测。所有相关数据集和软件均可以从<https://sourceforge.net/projects/isdtool/files/ISDTool-1.0>获取。ISDTool的发布对于深入了解HERV的免疫调节作用，以及可能的疾病预防和治疗策略具有重要意义，它标志着计算生物学在探索病毒免疫学领域的一个重要进展。