ISDTool 2.0：新型逆转录病毒免疫抑制域预测计算模型

"ISDTool 2.0 是一个计算模型，专用于预测逆转录病毒的免疫抑制域（ISD）。这个工具的开发旨在扩展对不同逆转录病毒ISD的识别能力，尤其是那些尚未有专门预测方法的病毒。ISDTool 2.0 结合了最小冗余最大相关性（mRMR）特征选择标准和加权极限学习机（WELM），在自洽、5倍和10倍交叉验证中取得了高达98.95%、96.34%和96.87%的识别准确性。该软件工具可以预测六种典型逆转录病毒的新ISD，并对这些病毒中的ISD基序进行了分析，探讨了它们的进化关系。" 在免疫学和病毒学领域，免疫抑制域（ISD）是逆转录病毒包膜基因env编码的跨膜蛋白TM的保守区域。ISD具有显著的生物学意义，因为它能够抑制免疫功能，例如，通过与CKS-17这样的合成肽相互作用，ISD可以抑制淋巴细胞的增殖，从而使病毒逃避宿主的免疫系统。先前的ISDTool 1.0版本主要用于预测人类内源性逆转录病毒（HERV）的ISD，但新的ISDTool 2.0扩大了其应用范围，涵盖了更多种类的逆转录病毒。 ISDTool 2.0的核心是集成mRMR特征选择和WELM算法的计算模型。mRMR是一种特征选择策略，用于减少特征冗余并最大化特征之间的相关性，以提高预测模型的性能。而WELM是一种高效的学习算法，能够在保证精度的同时快速训练模型。通过这些技术的结合，ISDTool 2.0实现了高精度的ISD预测，这对于理解病毒与宿主之间的相互作用，以及潜在的抗病毒疗法设计至关重要。 该研究不仅提供了ISDTool 2.0的预测功能，还预测了大量的新ISD，这些新发现的ISD为研究者提供了丰富的研究对象。此外，对这六种逆转录病毒中的ISD基序进行了深入分析，揭示了它们的结构特点和可能的进化路径，这有助于科学家们探索ISD如何随时间演变，以及它们如何影响病毒的生存和传播策略。 ISDTool 2.0的发布是逆转录病毒研究的一个重要进步，它为研究者提供了强大的工具，以便更全面地理解ISD的作用机制，从而为开发针对逆转录病毒的新型治疗策略提供可能。这款软件及其相关数据集可在SourceForge上获取，为学术界和医疗界的研究工作提供了便利。