无界聚合物的在线获取与证明：基于规则的模型分析

"这篇论文是2020年由Pierre Boutillier等人发表在《理论计算机科学电子笔记》上的，探讨了基于规则的模型中无界聚合物的存在性问题及其在线获取与证明方法。研究涉及在线获取、证明、基于规则的模型以及法国科学研究中心的相关研究。文章介绍了如何在www.sciencedirect.com上获取全文，并提供了DOI链接以便进一步查阅。" 在基于规则的建模语言，如Kappa和BNGL中，研究人员可以描述蛋白质间的复杂交互，这些交互可能导致大量甚至无限种不同的生物分子化合物。识别模型中是否存在无限多种生物分子化合物的情况至关重要，因为它不仅可能是建模规则疏漏的结果，也会影响模型的语义选择，例如在随机、困难或混合模拟中。 文章中引入了一种新的数据结构——标记模式的图，用于抽象可能形成的无界聚合物。这种图结构的每个节点和边都由模式标识，并且每个潜在的无界聚合物都与图中的至少一个循环相关联。与传统的站点图相比，这种数据结构的优势在于可以使用Tarjan的强连通分量检测算法在不枚举所有循环的情况下进行推理。此外，这种数据结构便于结合可达性分析的信息，有助于确定哪些聚合物在模型中是可安全忽略的。 关键词涵盖了基于规则的建模、聚合物分析、静态分析以及强连通组件的概念，表明论文的核心内容是通过静态分析技术来解决基于规则模型中的无界聚合物问题，这对于理解和验证这类生物系统模型的正确性具有重要意义。通过提供的DOI和链接，读者可以在线访问并深入研究这一领域的最新研究成果。