无界聚合物的生成与证明：基于规则模型的分析

"这篇学术论文‘基于规则的模型中无界聚合物的生成和证明’主要探讨了在基于规则的建模语言（如Kappa和BNGL）中如何处理无界聚合物的问题，以及如何证明这些模型是否存在无界的生物分子化合物。文章作者包括Pierre Boutillier, Aurélien Faure de Pebeyre, Jérôme Feret等人，发表于理论计算机科学电子笔记350期(2020)，可在线通过www.sciencedirect.com获取。" 在基于规则的建模中，蛋白质间的交互被用来描述复杂的生物过程，但由于蛋白质具有多个活性位点，可能导致生成大量的，甚至无限种类的生物分子复合物。了解模型是否能产生无限多种化合物对于模型的正确性和解释至关重要。一方面，无限数量的生物分子可能暗示建模规则中存在未明确的冲突；另一方面，这将影响模型的模拟方法选择，如随机、困难或混合模型。 论文介绍了一种新的数据结构，抽象出可能的无界聚合物，表现为标记的图，其中节点和边代表模式。这种数据结构的优势在于，它允许通过Tarjan的强连通分量算法在不枚举所有可能聚合物的情况下推理出循环，这是对传统站点图的改进。此外，这种数据结构能够与可达性分析相结合，使得可以安全地丢弃那些在模型中不可达的聚合物部分。 关键词涉及到基于规则的建模、聚合物分析、静态分析以及强连通组件，表明了研究的核心内容。该论文的发布者为Elsevier，可通过doi:10.1016/j.entcs.2020.06.003访问。