NewBioDiVinE: 新版本集成BioDiVinE-1.0与PEPMC参数估计器

资源摘要信息:"NewBioDiVinE是一个集成了BioDiVinE 1.0和基于DiVinE的参数估计器PEPMC的新型生化工具。BioDiVinE 1.0是一个模型检查工具，而PEPMC是一种参数估计工具，NewBioDiVinE通过引入分段多仿射抽象算法和新的抽象方法来扩展这些工具的功能。此外，NewBioDiVinE还增加了基于XDot工具的计算状态空间的图形可视化功能，其中使用了predot算法。" 1. BioDiVinE 1.0模型检查工具：BioDiVinE是一个开源的模型检查工具，专注于生化网络的动态属性验证。它是针对生物化学反应系统而设计的，用于检验系统是否符合某些规范或属性。BioDiVinE 1.0支持多种算法，包括owcty、distr_map和owcty_reversed算法。 2. 参数估计器PEPMC：PEPMC是一种参数估计工具，专为DiVinE模型检查器设计，用于估计生物化学网络模型的参数。参数估计是生物化学建模中的一个重要环节，因为它关系到模型预测的准确性。 3. 分段多仿射抽象算法：NewBioDiVinE使用了分段多仿射抽象算法，这是一种用于处理非线性函数的数学方法，它将非线性函数转换为分段多仿射函数，这样就使得原本非线性的问题可以应用线性处理方法。这种方法特别适用于生物化学模型中的希尔函数等非线性函数的处理。 4. 图形可视化：NewBioDiVinE集成了XDot工具的图形可视化功能，以视觉化地展示计算状态空间。该工具允许用户直观地理解和分析生化模型的动态特性，提供了一种直观的图形表示方式。 5. predot算法：predot算法用于图形可视化中，可能涉及到将状态空间中的节点和边转换为图形表示，以更清晰地展示模型的结构和状态转移。 6. 编译要求：为了成功编译NewBioDiVinE，需要安装MPI 1.2或更高版本、Autoconf 2.61或更高版本、Automake 1.10.1或更高版本、gcc 4.7或更高版本，以及XDot Graphviz和Boost库（包括线程和系统组件）和hoard库。 7. C++编程语言：从资源标签可以看出，NewBioDiVinE是用C++编程语言编写的。C++是一种广泛应用于系统/应用程序开发的高级编程语言，以其性能和功能强大而著称。 8. 开源软件：NewBioDiVinE是一个开源项目，意味着其源代码是公开的，并且可以在遵守特定许可协议的前提下自由地使用、修改和分发。开源软件通常会得到社区的支持和贡献，促进其发展和完善。 总结而言，NewBioDiVinE提供了一套完整的工具集，用于生化模型的检查、参数估计和图形化分析。其创新之处在于引入了分段多仿射抽象算法来处理生物化学模型中常见的非线性问题，并通过XDot工具的图形化技术提供了一种直观的方式来展示和分析模型的状态空间。该工具要求用户具备一定的编程和系统环境配置能力，并依赖于一些专业的软件库。对于研究人员和工程师而言，NewBioDiVinE是理解和分析生物化学网络模型的有力工具。