深入理解NGS数据分析流程与技术

资源摘要信息:"NGS-analysis（二代测序数据分析）" 一、转录组RNA-seq分析流程： 1. 原理：RNA-seq技术通过高通量测序技术对RNA分子进行深度测序，能提供转录本的序列信息和表达量信息。 2. 流程：RNA-seq分析流程大致可分为以下步骤：样本准备和文库构建、上机测序、质控和序列比对、表达量计算、差异表达分析、功能注释和富集分析等。 3. 差异表达分析：差异表达分析是寻找在不同条件、不同样本或不同时间点之间基因表达量差异的统计方法，常用的算法包括DESeq2、edgeR等。 二、RNA-seq分析番外篇：细菌库过滤+饱和度分析 1. 细菌库过滤：主要用于移除细菌RNA的污染，提高结果的准确性。 2. 饱和度分析：用于评估测序深度是否足够，判断是否达到平台饱和，保证数据的完整性和可信度。 三、表观组 1. 表观组分析：表观组研究关注的是基因表达调控中的表观遗传修饰，如DNA甲基化、染色质重塑等。 2. MeRIP-seq分析流程：通过免疫沉淀结合测序，用于研究RNA的m6A甲基化。 3. MeDIP-seq分析流程：通过甲基化DNA免疫沉淀测序，用于研究DNA的甲基化。 四、重测序： 1. GATK4分析流程：GATK（Genome Analysis Toolkit）是广泛使用的重测序数据分析工具，GATK4是其第四代版本，提供了更加精确的变异检测。 2. SNP-calling流程：单核苷酸多态性（SNP）是指基因组中单个核苷酸的变异，SNP-calling是识别这些变异的过程。 3. Structural Variation的分析方法：结构变异包括插入、缺失、倒位、易位等，分析这些变异的方法包括breakdancer、Pindel等。 五、宏基因组： 1. 宏基因组分析基础：shotgun metageonome：通过shotgun测序技术直接对环境样本中的所有遗传物质进行测序，可分析出样本中的所有微生物种类和功能。 2. 宏基因组shotgun分析流程：大致流程包括样本收集、DNA提取、文库构建、测序、序列组装、基因预测、功能注释等步骤。 3. 宏基因组16S分析流程：16S rRNA基因是细菌和古菌等原核生物的遗传物质，通过PCR扩增并测序16S rRNA基因序列，可分析出样本中的细菌群落结构。 六、三代测序： 1. 三代测序入门：三代测序技术如PacBio和Oxford Nanopore提供了单分子测序技术，可以实现更长读段的测序，有助于解决二代测序中的拼接问题。 2. 三代测序分析工具：分析三代测序数据的工具包括Canu、Miniasm等。 七、泛基因组： 1. 泛基因组入门：泛基因组学研究的是同一物种内所有个体的基因集合，而不仅仅是单一参考基因组。 八、群体遗传学： 1. 群体遗传学知识点：群体遗传学是研究基因在群体中的分布和变化规律的学科，关注的问题包括遗传多样性的测度、自然选择、基因漂变等。 以上就是对NGS-analysis资源中提到的各个分析流程和方法的详细解读，这些知识为从事基因组学研究的科研人员提供了重要的指导和帮助。