NCBI 数据上传指南:从注册账号到数据上传的详细流程
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更新于2024-06-11
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NCBI 数据上传指南
本文档提供了详细的 NCBI 数据上传指南,旨在指导用户上传数据到 NCBI 数据库中。该指南分为三部分,分别介绍了数据库说明、上传 SRA 数据库和上传 GEO 数据库的步骤。
**数据库说明**
NCBI 数据库是世界上最大的生物信息数据库之一,提供了大量的生物信息资源,包括基因序列、蛋白质序列、微生物基因组序列等。该数据库的主要功能是提供生物信息资源,支持科学研究和应用。
**上传 SRA 数据库**
上传 SRA 数据库是指将研究数据上传到 NCBI 的 SRA(Sequence Read Archive)数据库中。该数据库存储了大量的高通量测序数据,提供了研究人员研究和分享数据的平台。
在上传 SRA 数据库之前,需要注册账号和创建 BioProject 和 BioSample。BioProject 代表一个测序研究项目,包含多个 BioSample,BioSample 则代表一个样本的基本信息。需要在提交数据前申请 BioProject 号和 BioSample 号,这两个号码在后续 SRA 提交过程中使用。
上传 SRA 数据库的步骤包括:
1. 创建 BioProject 和 BioSampleID
2. 创建 New Submission 并完成信息填写
3. 登陆 FTP 账号并上传数据
4. 生成相应的 GSE 编号,供发表论文使用
**上传 GEO 数据库**
上传 GEO 数据库是指将研究数据上传到 NCBI 的 GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中。该数据库存储了大量的基因表达数据,提供了研究人员研究和分享数据的平台。
在上传 GEO 数据库之前,需要注册 GEO 账号。上传 GEO 数据库的步骤包括:
1. 注册 GEO 账号
2. 上传文件类型
3. 填写元数据 spreadsheet
4. 上传数据
需要注意的是,在上传数据之前,请确保读完整个文档,以免遗漏重要的步骤。
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