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z GeneTank
利用GeneTank您可以打开DNA或者蛋白质序列 也可以选择不同的阅读框架 共三种
将DNA翻译成蛋白质或利用蛋白序列反推出DNA序列 为方便使用 软件已经提供了普通密
码子列表和几种线粒体密码子列表
您也可以输入您自己的其他线粒体密码子列表 序列编辑
器提供了包括多媒体语言校读在内的完整的序列编辑功能
这一功能板块包括以下部分
GeneTank 打开 浏览 编辑及翻译序列
Translation 将打开的序列翻译或反推成其他序列
Edit Codon Table 编辑翻译所依据的密码子列表
GeneTank窗口
GeneTank的窗口用来显示序列及其文件题头信息 序列可以3碱基10碱基一组显示 您
可以将打开的序列翻译或反推成其他序列
您也可以使用通常的拷贝 剪切和粘贴命令编辑当
前序列
GeneTank的窗口上也有启用Primer Align Enzyme Motif功能板块的快捷键
查看序列
点击相应按钮或从View菜单中选择
您可以查看文件题头 改变5 末端序列起始位置
选择3碱基或10碱基一组的显示方式 文件题头是指存在于序列文件中 位于序列信息上游的
文字内容
点击header按钮或从View菜单中选择可以显示文件题头信息 改变5 末端序列起
始位置
默认为1 序列将从您指定的5 位置开始显示序列
可选操作
View >Show Header
View >Grouping
View > 5’ Seq No
某些版本没有这一项
打开已有序列
使用菜单File >Open
可以激活文件选择对话框 用来打开您希望处理的包含特定序列的
文件
如果序列文件是GenBank的标准格式PRIMER PREMIER会自动识别打开文件中的序列起
始位置
或是您曾经使用本软件菜单中File > Save命令以PRIMER PREMIER默认格式保存过
该文件
序列将自动打开 如果打开其他格式的序列文件 将出现一个可卷动的Import Sequence
窗口并显示全部序列
在序列第一行的起始处双击 则双击处以前的所有信息将被认为是文件
题头
然后PRIMER PREMIER会自动剔除非序列字符并将序列在GeneTank里打开
创建新序列
该项功能可以让您手动键入一个新的序列 您可以键入任何DNA或蛋白序列并存在您指定
的文件夹内
并可以象其他如GenBank格式的文件一样进行操作
Windows用户请注意
默认设置的DNA序列文件后缀为SEQ 蛋白序列文件后缀为PRO 当然
您可以使用其它的任何序列文件类型
使用提醒 如果您选错文件 发现并没有您所希望的序列 只需要关闭Import Sequence 窗口
重来一次即可