全面指南：AIR自动图像配置软件5.x的使用教程

本文档是关于AIR-Automated Image Registration（自动化图像配准）的全面指南，专为神经影像研究领域设计，由LONI（Lonai Laboratory of Neuroimaging）提供。它涵盖了AIR 5.x.2版本的主要功能、安装与配置步骤，以及针对不同操作系统（Unix/Linux/Mac OS X和PC/DOS/Windows/Windows NT）的工作流程。以下是主要内容的详细介绍： 1. **概述**： - AIR 5.x.2是一款强大的工具，用于处理医学图像间的配准，特别适用于PET（正电子发射断层成像）和MRI（磁共振成像）的数据分析。该版本提供了对缺失数据的处理策略和高级图像处理功能。 2. **包含内容**： - 安装配置指南，包括源代码文件(src/config.h)的设置。 - 向上兼容性说明，如从Air 2.0/3.0到5.x.2的升级路径。 - 程序使用概述，介绍了主要的命令行工具和功能。 3. **不包含内容**： - 文档未详述的具体插件或外部依赖，可能涉及第三方库或专用硬件支持。 4. **系统要求**： - 分别针对Unix/Linux/Mac OS X和PC环境的配置和编译方法。 - 提供了针对不同操作系统可能遇到的问题及解决工作流程。 5. **配置与编译**： - 如何配置src/config.h文件以适应特定的硬件和需求。 - 版本升级的步骤，确保用户能顺利过渡到新版本。 6. **核心功能**： - 量化与注册：详细解释了图像配准算法，包括插值方法的选择。 - 处理缺失数据：讨论了数据丢失的原因和如何在有缺失数据的情况下进行配准。 - 文件尺寸与像素大小的规范：推荐的像素分辨率、图像维度和像素大小设定。 7. **示例应用**： - 包括使用AIR进行PET-PET和MRI-PET数据处理的初步教程。 - 如何检查文件尺寸、像素大小，并进行文件操作，如转换为立方体像素。 8. **高级功能**： - 如何对多个PET研究进行齐次化和平均处理，以准备MRI-PET融合分析。 - 配准过程的审查和逆向操作，例如查看air文件内容和调整切片方向。 通过阅读本文档，用户可以了解到如何充分利用AIR进行精确、高效的图像配准，以及如何处理可能出现的问题，从而在神经影像研究中提升数据分析的准确性和效率。