STM32基于USART的Bootloader通信协议解析
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更新于2024-08-09
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"去除未与芯片结合的 DNA 片段与 NimbleGen 2.1M Human Exome Array 芯片进行杂交;Agilent SureSelect 序列捕获系统的方法;DeNovo 测序基础知识及其应用"
基因组测序在生物信息学领域扮演着至关重要的角色,它为我们揭示了不同物种的遗传信息,帮助科学家们理解基因功能和疾病机制。DeNovo测序,即从头测序,尤其适用于那些尚未拥有参考基因组的物种,它是获取物种全基因组序列的关键步骤。
DeNovo测序通常涉及多种测序平台,包括Illumina的Solexa GAIIx、Roche的GS FLX+或Titanium,以及ABI的3730。首先,通过这些测序仪对DNA进行片段化,然后对片段进行末端修复和"A"碱基添加,接着连接测序接头。纯化后,通过PCR扩增DNA片段,并对文库进行质量检测。一旦通过质量检查,就可进行高通量测序。数据处理阶段包括Basecalling(碱基识别),去除接头序列和污染。最终,利用组装算法将短读序列组装成连续的基因组序列。
NimbleGen 2.1M Human Exome Array 和 Agilent SureSelect 序列捕获系统是基因组研究中的常用工具,用于靶向富集特定区域,如外显子区域。NimbleGen的方法涉及DNA片段与芯片杂交,去除未结合的背景DNA,然后洗脱目标片段。而Agilent SureSelect系统则分为固相和液相捕获,这里主要讨论液相捕获,其流程包括DNA片段化、末端修复、接头连接、纯化、PCR扩增和捕获目的DNA片段,最后进行PCR扩增和产物纯化。
DeNovo测序的应用广泛,它不仅用于组装未知物种的基因组,还用于鉴定新基因组中的结构和功能元件,预测新基因,进行比较基因组学研究。例如,对于细菌、真菌、植物和动物,DeNovo测序都有一套特定的样品要求,确保基因组的完整性和无污染,以保证高质量的测序结果。在完成DeNovo组装后,通常需要通过构建BAC或Fosmid文库进行验证,确保数据的准确性和可靠性。
DeNovo测序技术和序列捕获系统是生物信息学研究的核心工具,它们在解析复杂生物系统的遗传信息方面发挥着不可替代的作用,为生物学和医学研究提供了强大的支持。通过对基因组的深入理解,我们可以更深入地探索生命现象,揭示疾病的遗传基础,甚至设计个性化的治疗方案。
2021-09-29 上传
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