德塔自然语言图灵系统与DNA计算

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"DNA元基催化与肽计算_第5修订版本V00055121" 本文档详细介绍了多个与计算机科学、人工智能和生物计算相关的知识点,特别是将生物学概念应用于信息技术的创新方法。以下是各章节的主要内容: 1. **第一章_德塔自然语言图灵系统**: - **知识来源**:这部分可能讨论了自然语言处理(NLP)领域中的理论基础。 - **德塔分词的催化切词优化方式**:介绍了一种提高分词效率的方法,分词是NLP中的基础步骤,用于将连续的文本切分成有意义的词汇单元。 - **分词**:阐述了分词技术及其在文本处理中的重要性。 - **排序**:可能讨论了如何对分词结果进行排序,以提高搜索或分析性能。 - **神经网络索引**:介绍了利用神经网络构建高效索引的策略。 - **分词在线性文本搜索中的应用**:探讨了分词技术如何提升线性文本搜索的速度和准确性。 - **动态POS**:可能涉及动态Part-of-Speech(词性标注),用于识别词汇在句子中的功能。 2. **第二章Java数据分析算法引擎系统**: - **微分催化排序**:可能是一种基于微积分原理的排序算法,用于优化数据处理。 - **计算力与算能优化的思想手稿**:讨论了提高计算效率的策略。 - **线性与非线性**:可能涵盖了线性和非线性数据分析方法。 - **音频卷积处理**:介绍了处理音频数据的卷积技术。 - **仿生听觉与视觉**:讨论了模拟生物听觉和视觉系统来改善数据分析的方法。 - **排序与搜索**:深入研究了不同类型的排序和搜索算法。 3. **第三章德塔ETL人工智能可视化数据流分析引擎系统**: - **界面与皮肤**:设计和自定义用户界面的元素。 - **流存储**:涉及实时数据流处理和存储。 - **节点与插件**:解释了如何通过可扩展的节点和插件系统增强分析引擎的功能。 - **档案与拓扑**:管理数据文件和分析流程的拓扑结构。 - **神经网络**:可能提到了用于数据分析的神经网络模型。 4. **第四章德塔Socket流可编程数据库语言引擎系统**: - **SocketrestTCP握手协议**:讨论了网络通信协议,如TCP/IP和RESTful API。 - **文件数据库**:涉及基于文件的数据库管理系统。 - **VPCS服务器与调度架构**:介绍了服务器平台和调度策略。 - **PLSQL语言**:讲解了结构化查询语言的编程方面。 - **PLORM语言**:可能是数据库操作和对象关系映射的语言。 5. **第五章_德塔数据结构变量快速转换**: - **内存的结构**:解析了计算机内存的组织和管理。 - **数据的结构**:涵盖了不同的数据结构(如数组、链表、树等)。 - **类的结构**:讨论面向对象编程中的类和对象。 - **转换加速**:讲述了优化数据转换的方法。 - **不规则对象的变换**:处理非标准或复杂数据对象的方法。 - **场景变换**:可能涉及到虚拟现实或图形渲染中的场景转换。 - **计算的模式变换**:可能包括了算法改进和计算模式的优化。 6. **第六章_数据预测引擎系统**: - **坐标系统预测**:使用坐标系统进行预测分析。 - **环境预测**:可能涵盖了环境因素对预测的影响。 - **雷达机与状态机**:两种预测模型或算法。 - **离散模型预测**:处理离散数据的预测方法。 - **概率机**:基于概率理论的预测模型。 - **向量机**:支持向量机(SVM)在预测分析中的应用。 - **商旅TSP**:旅行商问题(Traveling Salesman Problem)的解决方案,一种经典的组合优化问题。 - **眼睛团坐标识别**:可能涉及图像处理和人脸识别技术。 7. **第七章类人DNA与神经元基于催化算子映射编码方式**: - **DETAhumanoidcognition**:探讨了类人认知的模拟,可能涉及生物启发式的人工智能。 - **DETAhumanoidcognitionhistory**:回顾了该领域的历史发展。 这份文档涵盖了广泛的主题,从自然语言处理、数据排序和索引到生物启发的计算模型,展示了多学科交叉的深度研究。

def repair_dna(self, dna_sequence, accessor, start_index, vt_check=None, max_consec = 4, max_error = 6): """ Repair the DNA sequence containing one (or more) errors. 默认有indel :return: repaired DNA sequence set and additional information. :rtype: list, at least have one item """ def recursive_repair(dna_sequence, location, start_index, consec, error): # recursion stop if consec > max_consec or error > max_error: return [] elif location == len(dna_sequence): return [(dna_sequence, consec, error)] # get variables results = [] nucleotides = "ACGT" used_indices, current_nucleotide = np.where(accessor[start_index] >= 0)[0], dna_sequence[location] used_nucleotides = [nucleotides[used_index] for used_index in used_indices] # match if current_nucleotide in used_nucleotides: results.extend(recursive_repair(dna_sequence, location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(current_nucleotide)]), 0, error) # substitution for nucleotide in used_nucleotides: if nucleotide != current_nucleotide: results.extend(recursive_repair(dna_sequence, location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) # insertion results.extend(recursive_repair(dna_sequence[:location] + dna_sequence[location + 1:], location, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) # deletion for nucleotide in used_nucleotides: results.extend(recursive_repair(dna_sequence[:location] + nucleotide + dna_sequence[location + 1:], location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) return results

2023-07-17 上传