SPM12manual.pdf_Spm12入门教程

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Functional Imaging Laboratory

Wellcome Trust Centre for Neuroimaging

Institute of Neurology, UCL

12 Queen Square, London WC1N 3BG, UK

November 14, 2018

http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/

Contents

I Temporal processing 17

1 Slice Timing 19

1.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

1.1.1 Session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

1.2 Number of Slices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

1.3 TR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

1.4 TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

1.5 Slice order . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

1.6 Reference Slice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

1.7 Filename Preﬁx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

II Spatial processing 23

2 Realign 25

2.1 Realign: Estimate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

2.1.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

2.1.2 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

2.2 Realign: Reslice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

2.2.1 Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

2.2.2 Reslice Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27

2.3 Realign: Estimate & Reslice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

2.3.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

2.3.2 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

2.3.3 Reslice Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

3 Realign & Unwarp 31

3.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.1.1 Session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.2 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.2.1 Quality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.2.2 Separation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.2.3 Smoothing (FWHM) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

3.2.4 Num Passes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.2.5 Interpolation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.2.6 Wrapping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.2.7 Weighting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.3 Unwarp Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.3.1 Basis Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.3.2 Regularisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.3.3 Reg. Factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

3.3.4 Jacobian deformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.3.5 First-order eﬀects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.3.6 Second-order eﬀects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.3.7 Smoothing for unwarp (FWHM) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

4 CONTENTS

3.3.8 Re-estimate movement params . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.3.9 Number of Iterations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.3.10 Taylor expansion point . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

3.4 Unwarp Reslicing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.4.1 Resliced images (unwarp)? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.4.2 Interpolation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.4.3 Wrapping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.4.4 Masking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

3.4.5 Filename Preﬁx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

4 Coregister 39

4.1 Coregister: Estimate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

4.1.1 Reference Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.1.2 Source Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.1.3 Other Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.1.4 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.2 Coregister: Reslice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.2.1 Image Deﬁning Space . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.2.2 Images to Reslice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

4.2.3 Reslice Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

4.3 Coregister: Estimate & Reslice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

4.3.1 Reference Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

4.3.2 Source Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41

4.3.3 Other Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

4.3.4 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

4.3.5 Reslice Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

5 Segment 45

5.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

5.1.1 Channel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

5.2 Tissues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

5.2.1 Tissue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

5.3 Warping & MRF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

5.3.1 MRF Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

5.3.2 Clean Up . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

5.3.3 Warping Regularisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

5.3.4 Aﬃne Regularisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

5.3.5 Smoothness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

5.3.6 Sampling distance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

5.3.7 Deformation Fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

6 Normalise 51

6.1 Normalise: Estimate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

6.1.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

6.1.2 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

6.2 Normalise: Write . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

6.2.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

6.2.2 Writing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

6.3 Normalise: Estimate & Write . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

6.3.1 Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

6.3.2 Estimation Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

6.3.3 Writing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56

CONTENTS 5

7 Smooth 57

7.1 Images to smooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

7.2 FWHM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

7.3 Data Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

7.4 Implicit masking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

7.5 Filename preﬁx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58

III fMRI Statistics 59

8 fMRI model speciﬁcation 61

8.1 Timing parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

8.1.1 Units for design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

8.1.2 Interscan interval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

8.1.3 Microtime resolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

8.1.4 Microtime onset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

8.2 Data & Design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

8.2.1 Subject/Session . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64

8.3 Factorial design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

8.3.1 Factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

8.4 Basis Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

8.4.1 Canonical HRF . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

8.4.2 Other basis sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

8.5 Model Interactions (Volterra) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

8.6 Directory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

8.7 Global normalisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

8.8 Explicit mask . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67

8.9 Serial correlations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

8.10 Reviewing your design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

9 fMRI model estimation 71

9.1 Select SPM.mat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

9.2 Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

9.2.1 Classical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

9.2.2 Bayesian 1st-level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72

9.2.3 Bayesian 2nd-level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

9.3 Output ﬁles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

9.3.1 Classical 1st-level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

9.3.2 Bayesian 1st-level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

9.4 Model comparison . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76

10 Factorial design speciﬁcation 79

10.1 Directory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

10.2 Design . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

10.2.1 One-sample t-test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

10.2.2 Two-sample t-test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

10.2.3 Paired t-test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

10.2.4 Multiple regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

10.2.5 One-way ANOVA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

10.2.6 One-way ANOVA - within subject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

10.2.7 Full factorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

10.2.8 Flexible factorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86

10.3 Covariates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

10.3.1 Covariate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

10.4 Multiple covariates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

10.4.1 Covariates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89

10.5 Masking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89

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spm reslice 批处理

无法执行赋值，因为此类型的变量不支持使用点进行索引。 出错 Fristlevel (第 13 行) matlabbatch.spm.stats.fmri_spec.sess.scans = cellstr(spm_select('ExtFPList', curWPAT, '^sw*.nii', Inf))，怎么改

https://so.csdn.net/so/ask?from_spm=1000.2115.3001.8967&spm=1018.2226.3001.8967

matlabbatch{1}.spm.stats.fmri_spec.sess.scans = cellstr(spm_select('ExtFPList', curWPAT, '^sw*.nii', Inf));matlab运行不出来，怎么改

Spire.Pdf 纯图pdf

路 blog . csdn . net / didiaopao / category _11321656.html? spm =1001.20

matlab安装spm12

https://blog.csdn.net/lllsadsa/article/details/131863593?spm=1001.2014.3001.5501

https://blog.csdn.net/sinat_26809255/article/details/122212372?spm=1001.2014.3001.5501

python aspose.pdf

Kalman1960.pdf

https://so.csdn.net/so/ai?from_spm=1055.2569.3001.9126

https://blog.csdn.net/aliyonghang/article/details/128759962?spm=1001.2014.3001.5502

https://blog.csdn.net/aliyonghang/article/details/128735564?spm=1001.2014.3001.5502

python 输出spm1d库双样本检验后超出阈值的endpoints坐标

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无法执行赋值，因为此类型的变量不支持使用点进行索引。出错 Fristlevel (第 13 行) matlabbatch.spm.stats.fmri_spec.sess.scans = cellstr(spm_select('ExtFPList', curWPAT, '^sw*.nii', Inf))，怎么改