生物信息学:序列分析与多序列联配实践
需积分: 50 66 浏览量
更新于2024-08-08
收藏 6.19MB PDF 举报
"多序列联配-php+mysql实现在线测试答题实例"
本文主要涉及生物信息学领域的序列分析与比较,特别是多序列联配的技术。在生物信息学中,序列分析是核心任务之一,用于理解生物大分子,如DNA、RNA和蛋白质的结构和功能。在给出的描述中,我们可以提取以下几个关键知识点:
1. 序列组成和单一序列分析:这是序列分析的基础,包括了解序列的碱基组成、相邻碱基频率、同向重复序列以及DNA序列的几何学分析,如Z曲线方法。Z曲线方法是一种将DNA序列转换为三维图形的方法,有助于识别序列中的结构特征。
2. 序列联配:序列联配是寻找两个或多个序列之间的相似性。文中提到了两种经典的全局序列比对算法:Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法。前者适用于全局比对,后者则更侧重于局部相似性。此外,序列相似性的统计特征也是重要的考虑因素,如二进制值或标准比值(Bit Score)、P值(P-value)、BLAST和FASTA的数据库搜索策略、空位列线的统计问题、边际效应、替换矩阵的选择以及空位罚值(gap penalties)。
3. 替换矩阵:在序列比对中,替换矩阵用于量化不同碱基或氨基酸之间的相似性和差异。一般原理包括PAM氨基酸替换矩阵,常用于近缘物种间的比较;BLOSUM氨基酸替换矩阵,适用于较远缘物种的比较;以及DNA替换矩阵,专门用于DNA序列的比较。
4. 多序列联配:当涉及多个序列的比较时,多序列联配成为必要的工具。这个过程通常更加复杂,需要处理更多的排列组合,以找出最佳的对齐方式,揭示序列间的共同祖先或保守区域。
在实际应用中,如标题所示,这些概念和技术可以结合编程语言(如PHP)和数据库系统(如MySQL)实现在线测试答题实例,为用户提供交互式的序列分析体验。例如,用户可能通过输入序列,系统将自动执行比对算法,返回相似性分数和比对结果,从而帮助研究者快速评估序列的相关性。
生物信息学中的序列分析与比较涵盖了广泛的理论和技术,这些技术在生物医学研究、基因组学、蛋白质组学等领域有着广泛的应用。通过php+mysql的实现,可以让这些复杂的生物计算变得更加便捷和实用,服务于科研和教育。
2009-12-31 上传
2019-01-08 上传
2020-06-15 上传
点击了解资源详情
点击了解资源详情
点击了解资源详情
2018-04-12 上传
128 浏览量
2013-05-31 上传
Big黄勇
- 粉丝: 61
- 资源: 3936
最新资源
- 掌握Jive for Android SDK:示例应用的使用指南
- Python中的贝叶斯建模与概率编程指南
- 自动化NBA球员统计分析与电子邮件报告工具
- 下载安卓购物经理带源代码完整项目
- 图片压缩包中的内容解密
- C++基础教程视频-数据类型与运算符详解
- 探索Java中的曼德布罗图形绘制
- VTK9.3.0 64位SDK包发布,图像处理开发利器
- 自导向运载平台的行业设计方案解读
- 自定义 Datadog 代理检查:Python 实现与应用
- 基于Python实现的商品推荐系统源码与项目说明
- PMing繁体版字体下载,设计师必备素材
- 软件工程餐厅项目存储库:Java语言实践
- 康佳LED55R6000U电视机固件升级指南
- Sublime Text状态栏插件:ShowOpenFiles功能详解
- 一站式部署thinksns社交系统,小白轻松上手